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生物芯片概述

生物芯片是用玻璃、塑料或其他材料制成的微型设备。生物样本可以附于其上(生物阵列)和/或在其  (本文共1页) 阅读全文>>

权威出处: 科技日报2000-08-23
复旦大学
复旦大学

基因芯片数据分析

基因芯片技术能够同时分析成千上万基因的表达水平,这一技术已经广泛应用于生物学和医学各个研究领域。在其自身迅速发展的同时数据也在不断的增加,如何有效的处理和分析芯片实验所产生的海量数据越来越引起研究者们的广泛关注。基因芯片数据分析简单来说主要包括三块大的部分,数据预处理,数据的分析,数据的进一步分析。通过三个部分的数据分析后,整合样点的生物学信息,发现基因的表达与功能可能存在的联系。本论文简单介绍了基因芯片数据处理三个部分的一些内容,主要是阐述了我们自主开发的三个新算法,基于累积函数的弱信号处理方法,基于主集寻找的聚类算法,基于局部切空间校准的非线性芯片数据降维算法。另外,我们还阐述了用meta方法来综合各个实验室的酵母在不同环境刺激条件下芯片数据进行分析,发现一些环境刺激表达基本不变的基因,再用多序列比对识别调控元件工具(AlignACE)分析得到一些保守的调控元件。基因芯片数据中会有许多弱信号点,这些点的信号值容易被背景或者噪...  (本文共134页) 本文目录 | 阅读全文>>

《化学进展》2019年Z1期
化学进展

基于功能纳米材料的液相生物芯片检测技术

近年来基于编码微球的液相生物芯片技术在对单一样本进行高通量和多指标检测中发挥巨大的作用。由于其快速的动力学结合速率、高通量、高灵敏和多元检测的优势,因此基于编码微球的液相芯片对基因分析、蛋白表达、疾病的早期诊断、预后等也是一种强有力的检测工具。受益于纳米技术和纳米材料的快速发展,特别是功能纳米颗粒/聚合...  (本文共17页) 阅读全文>>

厦门大学
厦门大学

基因微阵列图像数据自动化提取

伴随着人类基因组测序计划的发展和分子生物学相关技术的突破,数以万计的生物信息学数据急待提取与分析。同时,计算机与自动化技术不断提高,使其在众多领域的数据处理中发挥着不可替代的作用。面对如此庞大的数据量,如何充分利用多学科交叉的技术方法进行自动化基因数据分析是当前生命科学的共同课题。基因微阵列芯片技术的出现提供了集成度相当高的实验工具,它可以一次性对大量基因样品进行检测与分析。目前芯片的制备与扫描已基本实现自动化,但对于后续的基因微阵列图像数据提取却一直难以实现自动化。这主要是由微阵列图像数据量大,斑点密度高且不规则,噪声干扰强且对比度不明显等因素引起的。本文的研究目标是在保证基因点定位与数据提取准确性的前提下,实现基因微阵列图像的整体自动化提取。为实现这一目标,本文首先针对现有不利于自动化的图像处理流程进行优化改进,先提取基因点边缘再网格定位,后续进行缺失点补偿。然后,提出基于灰度形态学的自动化图像增强与自适应二值化方法进行自动...  (本文共93页) 本文目录 | 阅读全文>>

同济大学
同济大学

生物信息学方法和生物基因芯片进行癌症诊断方面的研究

自从20世纪90年代以来,美国率先启动的人类基因组计划(Human Genome Project,简称HGP)带来了前所未有的数据爆炸,然而数据并不等于信息和知识,仅是信息和知识的源泉,对科学家而言,最关键的问题在于如何从数据中找到揭示生命奥秘的钥匙。如此伟大的动力就诞生了一门新兴的交叉科学,这就是生物信息学。通过对生物学实验数据的获取、加工、存储、检索与分析,生物信息学成为解开生物数据所蕴含的生物学意义的强大工具。同时,随着人类基因组计划进一步的快速发展,生物信息学在人类疾病与功能基因的发现与识别、基因与蛋白质的表达与功能研究方面都发挥着关键的作用。尤其在疾病诊断领域,生物信息学方法结合90年代中期发展起来的一项前沿生物技术——生物基因芯片,通过对全基因表达图谱进行数据挖掘,成功地将临床表征不明或容易误诊的恶性肿瘤准确、快速地区分开,从而为癌症的早期诊断与及时治疗做出了重要的贡献。本课题的重点就是利用基因芯片数据产生的基因表达...  (本文共71页) 本文目录 | 阅读全文>>

复旦大学
复旦大学

基于基因芯片的鼻咽癌研究

基因芯片是专门用于核酸检测的生物芯片,也是目前用途最为广泛的微阵列芯片。无论是单色荧光或双色荧光基因芯片,其本质都是利用碱基互补的核酸分子杂交。常见的基因芯片是一种反向杂交技术,将cDNA文库中大量的基因序列固定于载体上,用于同时检测比较生物样品中多个基因的表达状况。另一种基于芯片的正向杂交技术则是将生物样本中特定片段固定于载体上,实现在一张芯片上针对同一SNP位点的检测个体数目高通量。近年来基因芯片技术被越来越多的生物学家用于研究癌症的发生发展过程,无论是比较癌症组织与正常组织之间基因表达的差异,或是对疾病相关SNP位点的研究,基因芯片技术正扮演着一个越来越重要的角色。在基于基因芯片研究鼻咽癌的发生发展过程的课题中,我们首先利用了双色荧光cDNA芯片,用鼻咽癌炎症组织作为参照,对20例鼻咽癌病例样本进行了表达谱分析,结合生物信息学和生物统计学方法,我们筛选出了一批对于鼻咽癌发生发展具有研究价值的基因,如核糖体蛋白S6激酶(ri...  (本文共116页) 本文目录 | 阅读全文>>