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我科学家成功绘制人类肝脏蛋白质相互作用网络连锁图

本报讯 (甄蓓)近日出版的《分子系统生物学》杂志发表了军事医学科学院放射与辐射医学研究所、蛋白质组学国家重点实验室杨晓明研究员和贺福初院士领导的科研团队联合复旦大学、湖北大学等单位完成的研究论文。论文阐释了目前世界上最大的人类器官蛋白质相互作用网络连锁图框架,标志着我国在人类蛋白质相互作用网络研究领域进入世界先进水平。$$   生命有机体是由蛋白质组成的“分子社会”,和人类社会一样,每个蛋白质需要和许多不同的蛋白质发生相互作用,构成复杂关系网络协调指挥几乎所有的生命活动。因此,全景式研究蛋白质相互作用而得出的蛋白质相互作用连锁图谱是解读蛋白质“天书”的重要“密匙”。据估算,人类蛋白质大约有13万对相...  (本文共1页) 阅读全文>>

权威出处: 科技日报2011-10-17
《中国分子心脏病学杂志》2008年02期
中国分子心脏病学杂志

蛋白质与蛋白质相互作用研究技术

蛋白质间相互作用是细胞各种基本功能的主要完成者,参与几乎所有的重要生命活动。因此,蛋白质一蛋白质相互作用研究以及建立相互作用关系的网络图,具有十分重要的意义,也是目前蛋白质研究领域的热点。如何能高通量、大规模地筛选相互作用的蛋白质,从而绘制出蛋白质相互作用图谱,帮助我们了解这些蛋白质的功能,给实验技术提出巨大挑战,从而促进蛋白质一蛋白质相互作用技术的进步和完善[‘]。1酵母双杂交系统(The two一hybrid system 1.1酵母双杂交系统的原理:酵母双杂交系统由st耐叮Fielas和oK一k列song等人[’]基于对酵母转录因子GAIA的认识,在研究真核基因转录调控中创建的一种分子生物学方法。GAM由结构上可以分开、功能上相互依赖的2个结构域组成:位于N端DNA结合域(DNA binding domain,DNA一BD)和位于C端转录激活域(Aetivati。。dom苗n,DAN一AD)。DNA一BD或AD单独作用不能...  (本文共5页) 阅读全文>>

《中国生物化学与分子生物学报》2017年08期
中国生物化学与分子生物学报

蛋白质相互作用数据库

国家重点基础研究发展计划(“973”计划,No.2014CBA02001);国家自然科学基金(No.31571270)和北京市青年拔尖团队项目(No.201500021223TD04)资助蛋白质是构成生物体的重要生物大分子,调节和控制几乎所有的生命基础活动和高级生物学行为。从小分子的转运、代谢和信号转导,到单个细胞的增殖、分裂、分化和凋亡,几乎都离不开蛋白质及它们之间的相互作用(protein-protein interaction)。蛋白质表达量、翻译后修饰、亚细胞定位和蛋白质相互作用的变化,决定了从组织的形成、分化、器官的发育和衰老,到生物个体的发育特征、疾病和死亡。因此,蛋白质研究的一个主要方向是蛋白质相互作用组学(interactomics)。蛋白质相互作用组(interactome)研究不仅为“小科学”(small science)研究提供了重要的功能机制“线索”,而且是系统生物学研究的重要“基石”。内源的蛋白质异常(...  (本文共8页) 阅读全文>>

《文理导航(中旬)》2018年01期
文理导航(中旬)

蛋白质相互作用的研究方法及进展分析

蛋白质具有控制调节细胞生命活动的能力,人体内有一部分蛋白质是以单体形式存在的,但是绝大多数蛋白质是能够通过配体或以复合体的身份参与调节细胞活动的。因此,我们要想更好了解细胞知识,就必须要在现有科研能力的基础上,对蛋白质相互作用进行研究。一、当前比较常见的蛋白质相互作用的研究方法(一)GST融合蛋白采取GST融合蛋白的方式对蛋白质进行检测,查阅最新的有关蛋白质的鉴定文献资料,准确评定其存在的功能与特性。在此基础上,确定部分具备相互功能的蛋白质的所处位置。一般情况下,此种检测方法获取的结果是可信的。需要注意的是,此种研究方法还可以用于检测定量的蛋白质。(二)免疫共沉淀通常情况下,若是细胞出现分裂,且是在不稳定环境下,那么细胞内原有的蛋白质将被保存下来,这一说法已经被相关专家证实。采用此种检测方法,能够准确判定外界多变环境下相关蛋白质相互作用问题。要想发挥出此种研究方式的作用,需要做足准备工作,必须要保证在清洗环节复合体不会遭到破坏。...  (本文共2页) 阅读全文>>

《中南民族大学学报(自然科学版)》2017年03期
中南民族大学学报(自然科学版)

基于多特征融合预测蛋白质相互作用界面

区分蛋白质晶体中的生物学相互作用界面(Biological interfaces)和无生物学意义的晶体学界面(Crystal interfaces),是结构生物信息学中的一个重要研究方向.现有计算方法预测蛋白质相互作用界面的特征主要分成两大类:第一类是以界面面积、疏水性和温度因子等几何特性和氨基酸理化特性为代表的传统特征[1];第二类则是以EPPIC方法为代表的进化特征[2].为获得良好的分类效果,目前的主要策略是将上述特征进行联合.然而,这类融合方法也存在弊端,如现阶段分类效果最好的Luo方法[3],该方法具有较高的特征维度(46维),且进化信息计算复杂,不利于快速构建本地分类模型.因此,本文期望采用较为简便的方式计算进化特征,融合传统特征并使用特征选择技术,构建一个低维高效的蛋白质互作界面分类模型.1材料和方法1.1数据集,蛋白质界面残基、表面残基的定义在构建和测试模型过程中使用了三个数据集,Duarte数据集[2]作为主数...  (本文共4页) 阅读全文>>

《中国中医药信息杂志》2016年02期
中国中医药信息杂志

基于蛋白质相互作用网络分析右归丸治疗肾阳虚证的疗效机制

肾阳虚证临床主要表现为腰膝酸软、畏寒肢冷、夜尿频多等,治法以温补肾阳为主,临床以右归丸为代表方剂。右归丸出自明代《景岳全书》,由熟地黄、炮附片、肉桂、山药、山萸肉、菟丝子、鹿角胶、枸杞子、当归、杜仲组成,主要功效为温补肾阳、填精益髓,主治肾阳虚证。我们前期采用核素标记相对和绝对定量(i TRAQ)技术,对经右归丸治疗的4例肾阳虚证患者批差异表达而是以蛋白虚证疗效的的结果。因蛋白质进行杂性有全面网络建模方相互作用关机制。1资料与方1.1数据来数据来组学技术检验中8个通数据分析。1.2差异表分别计均值,采用认为该蛋白1.3蛋白质采用S差异蛋白质编号P20851 ComP00734 ProB4DN75 CarP01024 ComP02760 alphQ04756 HepE7EQB2 Lac者治疗前后的达蛋白[1]。蛋白质之间的相的发挥也是蛋因此,必须在整行研究,才能面和深入的认方法,对前期关系角度探索方法来源来源于前期实检测得到的蛋通...  (本文共4页) 阅读全文>>