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科学家绘制出迄今最详细蛋白质相互作用图

本报讯(记者常丽君)据美国物理学家组织网10月28日(北京时间)报道,最近,美国哈佛大学等多家机构研究人员组成的合作小组绘制出迄今为止最详细的蛋白质相互作用图谱,显示了果蝇细胞中约5000个蛋白质之间是怎样相互作用、共同配合以维持生命运作的。相关论文发表在10月28日的《细胞》杂志上。$$   研究人员利用一种质谱测定技术,通过检测质量识别出样本中的每个蛋白质。研究小组通过10年努力绘制的这份图谱揭示了蛋白质之间的精确连接和它们之间复杂多样的关系,相关分析还显示出不同动物之间的蛋白质联系网络。$$   该图谱目前尚不完备,研究人员对有些作用还不清楚。论文作者之一、哈佛大学医学院细胞生物学教授斯派罗斯·阿塔万尼斯-查克纳斯说:“我们已经知道了约1/3蛋白质的所作所为,还有1/3靠猜...  (本文共1页) 阅读全文>>

权威出处: 科技日报2011-10-29
《中南民族大学学报(自然科学版)》2017年03期
中南民族大学学报(自然科学版)

基于多特征融合预测蛋白质相互作用界面

区分蛋白质晶体中的生物学相互作用界面(Biological interfaces)和无生物学意义的晶体学界面(Crystal interfaces),是结构生物信息学中的一个重要研究方向.现有计算方法预测蛋白质相互作用界面的特征主要分成两大类:第一类是以界面面积、疏水性和温度因子等几何特性和氨基酸理化特性为代表的传统特征[1];第二类则是以EPPIC方法为代表的进化特征[2].为获得良好的分类效果,目前的主要策略是将上述特征进行联合.然而,这类融合方法也存在弊端,如现阶段分类效果最好的Luo方法[3],该方法具有较高的特征维度(46维),且进化信息计算复杂,不利于快速构建本地分类模型.因此,本文期望采用较为简便的方式计算进化特征,融合传统特征并使用特征选择技术,构建一个低维高效的蛋白质互作界面分类模型.1材料和方法1.1数据集,蛋白质界面残基、表面残基的定义在构建和测试模型过程中使用了三个数据集,Duarte数据集[2]作为主数...  (本文共4页) 阅读全文>>

《中国中医药信息杂志》2016年02期
中国中医药信息杂志

基于蛋白质相互作用网络分析右归丸治疗肾阳虚证的疗效机制

肾阳虚证临床主要表现为腰膝酸软、畏寒肢冷、夜尿频多等,治法以温补肾阳为主,临床以右归丸为代表方剂。右归丸出自明代《景岳全书》,由熟地黄、炮附片、肉桂、山药、山萸肉、菟丝子、鹿角胶、枸杞子、当归、杜仲组成,主要功效为温补肾阳、填精益髓,主治肾阳虚证。我们前期采用核素标记相对和绝对定量(i TRAQ)技术,对经右归丸治疗的4例肾阳虚证患者批差异表达而是以蛋白虚证疗效的的结果。因蛋白质进行杂性有全面网络建模方相互作用关机制。1资料与方1.1数据来数据来组学技术检验中8个通数据分析。1.2差异表分别计均值,采用认为该蛋白1.3蛋白质采用S差异蛋白质编号P20851 ComP00734 ProB4DN75 CarP01024 ComP02760 alphQ04756 HepE7EQB2 Lac者治疗前后的达蛋白[1]。蛋白质之间的相的发挥也是蛋因此,必须在整行研究,才能面和深入的认方法,对前期关系角度探索方法来源来源于前期实检测得到的蛋通...  (本文共4页) 阅读全文>>

《生物物理学报》2015年02期
生物物理学报

基于蛋白质相互作用“热点”区域的小分子药物设计研究进展

引言蛋白质是生命活动的执行者,通过与糖类、蛋白质、核酸等生物活性成分形成蛋白质复合物来参与细胞的生理过程和信号转导,而这种蛋白质复合物通常由蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interactions,PPIs)所控制[1]。随着分子生物学和蛋白质组学的不断发展,机体内诸多关于PPIs的网络逐渐清晰,并发现其与疾病有着密切的关系[2],可被用来预测疾病的发生机制[3]。由于PPIs发生的空间较大且平滑,而有的PPIs并未直接参与疾病的发生过程,因此,基于PPIs的药物开发极具挑战性。然而,随着PPIs“热点”(hotspot)区域被发现,以PPIs为靶点的小分子药物开发逐渐成为疾病治疗的热点问题[4]。因此,了解PPIs的“热点”区域及其与小分子药物之间的相互作用,有助于从分子水平上认识小分子药物预防和治疗与PPIs相关疾病的作用规律和机理,为新药的开发提供基础理论知识。蛋白质-蛋白质相互作用的“热点”区域P...  (本文共15页) 阅读全文>>

《湖北医药学院学报》2014年02期
湖北医药学院学报

双分子荧光互补在蛋白质相互作用中的应用

生物体是一个复杂的有机体,是物质运动的高级形式,这种运动方式是通过蛋白质来实现的。人体的生长、发育、运动、遗传、繁殖等一切生命活动都离不开蛋白质。生命活动中各项功能和行为并不是由单一的蛋白质来完成的,蛋白质间的相互作用以及功能、构象变化参与和影响着生命的全过程,因此深入理解蛋白质相互作用,研究出蛋白质相互作用网络是揭示生命活动奥秘的前提。基于生物化学、微生物学、分子生物学、生物物理学和生物信息学的知识和技术,已经建立了多种研究蛋白质相互作用的方法。目前常用的研究蛋白质相互作用的方法有:GST沉降实验(GST-pull down)、串联亲和纯化、免疫共沉淀、酵母双杂交、化学交联、荧光能量共振转移和双分子荧光互补实验等。本文综述了双分子荧光互补技术(bimolecular fluorescence complementa-tion,BiFC)的起源、原理、发展以及在研究蛋白质相互作用中的应用。1双分子荧光互补的起源绿色荧光蛋白(gr...  (本文共3页) 阅读全文>>

《生命的化学》2013年05期
生命的化学

大规模蛋白质相互作用组实验技术及其应用

蛋白质是生命活动及功能的执行者,它们通过物理结合和活性调控,形成连锁网络,协同调节生命机体生长、发育、分化等活动。绘制蛋白质相互作用连锁图有助于从分子水平上阐明生命现象的本质。因此,大规模蛋白质相互作用组(Interactome)的研究逐渐成为蛋白质组学研究的重点。本文介绍研究大规模蛋白质相互作用组的实验技术及其应用。1大规模蛋白质相互作用组研究技术的发展近十多年来,高通量蛋白质相互作用研究技术的开发使得“全基因组式”研究所有编码蛋白质的连锁网络成为可能,当前主要采用的研究技术包括酵母双杂交技术、亲和纯化-质谱鉴定技术和蛋白质芯片技术[1-3]。1.1酵母双杂交技术酵母双杂交技术是研究蛋白质相互作用网络时被广泛采用的最经典的技术(图1)[4],它是将真核细胞转录因子拆分为DNA结合结构域(DNA-bindingdomain,DBD)和转录激活结构域(activating domain,AD)两部分,将诱饵与猎物分别与DBD和AD...  (本文共6页) 阅读全文>>