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蛋白质功能算出来

本报讯 中科院上海药物所药物发现与设计中心在蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)及其网络预测方法学发展方面取得重要进展。蒋华良研究员带领学生张健和沈菊文等经过两年努力。提出了一种仅根据蛋白质的序列即可预测蛋白质-蛋白质相互作用的新理论预测方法。研究结果发表在2007年3月5日《美国科学院院刊》在线版上。$$PPI决定着从转录调节到酶级连反应的几乎所有的生物功能,这方面的研究具有重要的科学价值和应用前景。然而,目前的实验方法都存在一定缺陷。因此,发展理论方法在基因组水平上预测PPI及其网络,对功能基因组研究具有十分重要的意义,也是生命科学的前沿领域。目前大多数PPI预测...  (本文共1页) 阅读全文>>

《小型微型计算机系统》2017年09期
小型微型计算机系统

加权优先级网络在蛋白质功能预测中的应用研究

1引言实验功能注释的方法费时且费用高,已经无法满足日益增长的蛋白质数据功能注释需求.因此,蛋白质功能的计算方法注释成为后基因时代的主要挑战.基于计算方式的功能注释方法可以划分为基于序列的功能注释方法、基于结构相似的功能注释方法、基于蛋白质相互作用网络功能注释方法和基于机器学习的功能注释方法.早期的计算方法大都基于蛋白质氨基酸序列相似性或编码基因融合原理以及蛋白质系统发生谱研究.Henning等首先将GO注释应用于他们的GOblet的BLAST搜索结果,Goblet只是简单地将序列匹配到有向无环图表示的GO.虽然没有结合相似分数,用户可以直观地了解有多少个序列匹配到共同的GO条目.Zehetner通过加权检索的GO条目列表,将这种匹配扩展到Onto Blast方法.Khan等[1]提出的GO-Figure方法和M artin等[2]提出的GOtcha方法采用了相似的加权方式或排名方案,但是所有的分值从GO条目传播到GODAG中的父...  (本文共6页) 阅读全文>>

《智能计算机与应用》2016年04期
智能计算机与应用

蛋白质功能预测方法研究进展

0引言蛋白质(protein)是基因经过转录和翻译后在生物体中所表达的产物[1-2]。蛋白质是生物体的重要组成部分,不仅种类繁多、而且功能各异,几乎所有的生命活动都要通过蛋白质来完成。比如,生物体的生长、发育、运动、遗传、繁殖等一切生命活动都离不开蛋白质。毋庸置疑,蛋白质是生物体的生理功能的执行者,是生命现象的直接体现者,对蛋白质结构和功能的研究将直接阐明生物体在生理或病理条件下的变化机制。这对于疾病预防、药物开发等医学领域研究和农牧业领域的发展都有十分重要的意义。随着大规模高通量测序技术的发展和应用,蛋白质序列数据呈指数级地增长。然而大量蛋白质的功能仍然未被测定,蛋白质的序列和功能信息之间的差距不断扩大。为缩小这种差距,寻找快速、高效且可靠的蛋白质功能预测方法成为生物学研究领域一项迫切的任务。最初,生物学家研究蛋白质功能主要通过生物实验的方法,包括微阵列分析、RNA干扰、免疫共沉淀法[3]、免疫交联法[4]、酵母双杂交法[5]...  (本文共5页) 阅读全文>>

《生物信息学》2010年01期
生物信息学

面向蛋白质功能位点识别的机器学习平台构建

1前言氨基酸序列决定蛋白质的结构和功能[1],因此从序列信息出发预测蛋白质结构和功能是蛋白质研究的一个重要手段,机器学习方法在该类研究中具有重要应用。目前,国际上通常利用机器学习的方法来预测蛋白质的功能位点及蛋白质与其他生物分子间的相互作用。如:Sujun Li[2]等利用氨基酸序列的多种理化特征、氨基酸0/1编码,通过支持向量机训练,预测哺乳类蛋白质序列的O-糖基化位点。Ju-wen Shen[3]等通过支持向量机模型来构建蛋白质-蛋白质的相互作用网络。Jong Hun K im[4]等利用四种蛋白激酶的氨基酸序列信息,通过机器学习的方法预测蛋白质序列上的磷酸化位点。LiangjiangW ang[5]等利用氨基酸序列的侧链PKa值、疏水性、氨基酸分子质量,通过支持向量机的方法预测蛋白质序列上的DNA结合位点。而其他的研究也表明不同的静电特征、生物物理及结构特征能有效的预测蛋白质和DNA的相互作用[6-8]。综上所述,蛋白质功...  (本文共4页) 阅读全文>>

《食品工业科技》2008年06期
食品工业科技

茶多酚与蛋白质的相互作用对蛋白质功能特性的影响研究进展

茶多酚(Tea Polyphenols)是茶叶中儿茶素类、黄酮类、酚酸类和花色素类化合物的总称,约占茶叶干重的25%~30%。茶多酚中最重要的成分是黄烷醇类的多种儿茶素(Catichins)[1,2]。本文主要是概述茶多酚与蛋白质的相互作用对蛋白质功能特性的影响规律的研究现状,目的是为茶多酚在食品工业上的进一步应用提供理论基础;同时希望从茶多酚对蛋白质功能特性影响的研究中,进一步阐明多酚与蛋白质的相互作用机理。1蛋白质的功能特性及其改善技术国内外研究概况1.1蛋白质的功能特性[3]蛋白质的功能性质可分为水化性质、表面性质、蛋白质—蛋白质相互作用的有关性质三个主要类型,主要包括有吸水性、溶解性、保水性、分散性、黏性和粘结性、乳化性、起泡性、凝胶作用、调色性等。1.2蛋白质的功能特性改善技术研究进展食品工业的飞速发展,迫切需要大量具有功能特性和营养特性的蛋白质,作为食品的原料成分或添加基料。科学家发现一些重要的蛋白质资源的功能特性不...  (本文共4页) 阅读全文>>

《中国食物与营养》2005年05期
中国食物与营养

茶多酚对蛋白质功能特性影响研究初探

茶是公认的有益于人类健康的饮料,已有国内外大量研究表明茶多酚(TeaPolyphenols)是茶叶中最重要和最主要的功能成分。茶多酚在食品中有很好的发展前景,它能影响食品品质,对食品的色和味的构成有重要作用,食品中的茶多酚的应用研究近来已经倾向于蛋白质食品品质的改良和保健食品的研制方面,因为茶多酚能带来一系列优点,比如抗氧化、改善蛋白质食品组织结构等,实际上,更重要的是食品中多酚类物质的消费增加与癌症、心血管等疾病的患病率的降低有很明显的正相关性。所以,多酚类物质对蛋白质功能特性的影响的研究将加速其在食品中的运用。1茶多酚简介1.1茶多酚的组成茶多酚是儿茶素(黄烷醇类)、花色素类(花青素和花白素)、花黄素类(黄酮与黄酮类)和缩酸及缩酚酸类等集于茶叶中的一群多酚复合物的总称。其中儿茶素占60%~80%,分为酯型儿茶素(GCG和CG)和游离型儿茶素(C和GC),酯型儿茶素占儿茶素的70%左右[1]。茶多酚的4类组分具有共同的结构——...  (本文共2页) 阅读全文>>