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我国建成高水平药靶筛选技术平台

本报上海讯 记者白毅报道 在“863”计划的大力支持下,国家人类基因组南方研究中心吴骏博士带领课题组成员  (本文共1页) 阅读全文>>

重庆大学
重庆大学

基于药靶严格确证的可药性发现和药靶预测新型算法构建

从人类基因组的破译,到基因组学、转录组学、蛋白组学等组学技术的快速发展,都为药物研发与药靶发现提供了机遇和挑战。但是,随着药物、药靶的研究的不断深入,药靶发现进程由于一些关键问题而大大延迟,比如:1)治疗药靶定义模糊,2)临床试验药物及其药靶覆盖率不足,3)耐药性突变信息不足;4)药靶基因表达谱信息和药靶组合信息不足,5)缺乏成功药靶、临床药靶和药靶组合的可药性特征,6)现有药靶预测工具预测能力较弱,等。为了解决这些问题,本研究在药靶严格确证的基础上对药靶可药性进行了系统性分析,并构建了药靶预测新型算法,具体讨论如下。第一,提出了严格的基于药、靶、病三者关联的药靶确证新策略。药靶的确证不仅需要考虑药物对药靶的活性,更要先通过活体实验(基因敲除等)验证药靶在疾病模型中的作用,再找到药物对药靶的作用会在疾病模型(细胞、体外或活体)中产生疗效的证据。第二,在药靶严格确证新策略的基础上,确证了大量批准和临床药物的药靶,并收集了多种对药靶...  (本文共146页) 本文目录 | 阅读全文>>

中国科学院研究生院(上海生命科学研究院)
中国科学院研究生院(上海生命科学研究院)

候选抗生素药靶识别系统

传统致病菌耐药性的增强和新型致病菌的出现,使得传染病越来越成为人类健康的重大威胁。人类迫切需要新型抗生素,而基因组计划则提供了一个抗生素开发的新策略。本论文利用生物信息学技术,分析了所有已测序致病菌基因组,建立了一个候选抗生素药靶识别系统。我们相继发展了四个相关生物信息学方法并最终整合进系统中。第一,建立了一个分布式BLAST系统,这是一个松耦合的异构并行系统,在任务级上实现BLAST的并行化,具有强大、经济、移植性好、伸缩性强的特点。第二,综合考虑了GC含量差异、二核苷酸丰度差异和密码子频率差异三种DNA组成分析指标,利用迭代的判别分析方法对已知的致病岛数据进行学习,得到一个线性的识别模型,用于识别致病岛及其他组成异常基因簇。第三,从文献和数据库中收集已知的致病菌毒力因子,建立了一个毒力因子数据库,用于大通量地识别细菌基因组中相关基因。第四,开发了一个文献挖掘工具MedBlast,能够搜索与给定序列相关的文献,初步测试表明其敏...  (本文共100页) 本文目录 | 阅读全文>>

哈尔滨工业大学
哈尔滨工业大学

基于概率关系自编码器的药靶关系预测研究

药物的设计与研发是依据对生物靶标和分子活性的知识寻找有效治疗药物的过程。药物小分子大多是一种有机小分子或化合物,它通过激活或抑制生物分子功能,对多种被称为靶标的蛋白质产生特殊的影响,从而对疾病产生治疗效果。药物与蛋白质靶标之间的相互作用在药物研究中具有重要意义,如促进药物发现过程、药物副作用预测和药物再利用等。最初的研究方法主要采用临床生物实验方法,保证了实验结果的有效性。而实验中想找出与目标靶蛋白有结合作用且具有高亲和力的化合物是很具有挑战性且成本昂贵的过程,这就需要开发设计出更有效和更高效的生物计算方法来预测药物-靶标的相互作用。生物计算方法能够从积累的大量数据中挖掘出潜在特征。同时,计算方法的预测结果能够使生物实验更有针对性,节约成本。目前用于预测药物靶标关系的计算方法主要分为三类:(1)基于配体的预测方法;(2)基于靶标的预测方法;(3)机器学习方法。基于配体的预测方法通常用于蛋白质的三维结构信息未知时,依赖于配体的结构...  (本文共51页) 本文目录 | 阅读全文>>

《世界临床药物》2010年03期
世界临床药物

潜在药靶的发现和验证

潜在药靶的发现与验证是制约新药研究和开发的瓶颈,对于创新药物研究意义重大,且前景广阔。本文主...  (本文共8页) 阅读全文>>

《中国生物化学与分子生物学报》2005年01期
中国生物化学与分子生物学报

防治癫痫的新药靶BDNF受体TrkB

大多数癫痫治疗在疾病得到控制后才开始 .患者可以服用抗惊厥药物来中止发作 ,或是用外科手术切除脑的损害部分 ...  (本文共1页) 阅读全文>>