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人类肝脏蛋白质“关系网络图”绘成

本报北京讯 军事医学科学院放射与辐射医学研究所、蛋白质组学国家重点实验室杨晓明研究员和贺福初院士所领导的科研团队联合复旦大学、湖北大学等优势单位,阐释了目前世界上最大的人类器官肝脏的蛋白质相互作用网络连锁图框架,标志着我国在人类蛋白质相互作用网络研究领域进入世界先进水平。相关研究论文近日发表在最新一期《分子系统生物学》杂志上。$$    生命有机体是由蛋白质组成的“分子社会”,就像人类社会一样,每个蛋白质需要和许多不同的蛋白质发生相互作用,构成复杂关系网络,协调指挥几乎所有的生命活动,因此,全景式研究蛋白质相互作用而得出的蛋白质相互作用连锁图谱是解读蛋白质“天书”的重要“密匙”之一。据估算,人类蛋白质大约有13万对相互作用,而当前所有的已知数据仅鉴定了不到8%。$...  (本文共1页) 阅读全文>>

《广西大学学报(自然科学版)》2011年05期
广西大学学报(自然科学版)

基于最短路径的关键蛋白质识别研究

关键蛋白质是指通过基因剔除式突变将其移除后造成有关蛋白质复合体功能丧失,并导致生物体无法生存的蛋白质[1]。对啤酒酵母(S.cerevisiae)和线虫(E.col)移除分析实验结果证实—个蛋白质参与相互作用的多少和它在网络中的重要程度有关系,关键蛋白质通常比其他蛋白质参与了更多的相互作用[2]。利用生物实验识别关键蛋白质虽然准确性高,但是耗时长,成本很高。利用计算机技术理论和研究方法,从已有的大量生物实验数据中快速而准确地识别出关键蛋白质,在理论和实践上都具有重要意义。图1完整的酵母蛋白质相互作用网络Fig.1 Complete PIN of yeast一个生物体内所有蛋白质相互作用称为蛋白质相互作用网络(Protein-protein InteractionNetwork,PIN)[3-5]。蛋白质相互作用网络可以表示成一个无向简单图G=(V,E),如图1给出了完整的酵母蛋白质相互作用网络图[2]。研究蛋白质相互作用网络,分...  (本文共6页) 阅读全文>>

《西南国防医药》2009年02期
西南国防医药

蛋白质相互作用研究的技术方法和应用

蛋白质-蛋白质相互作用控制着生命的各个过程,是整个生命体结构和生命活动的基础和特征。研究蛋白质-蛋白质相互作用,不仅可从分子水平揭示蛋白质的功能,而且对于揭示生长、发育、分化和凋亡等生命活动规律至关重要,为探讨重大疾病的机理、疾病治疗、疾病预防和新药开发提供重要的理论基础。本文讨论目前研究蛋白质相互作用中一些常用和新颖的实验技术方法进展,探讨从初步相互作用数据向功能研究上的技术和方法策略。1酵母双杂交技术酵母双杂交技术理论上可以全面检测任何一个基因编码的蛋白质间所有可能的两两相互作用。即使对蛋白质之间微弱、瞬间的作用也能通过报告基因的表达产物敏感地检测到。前几年,在病毒、细菌、真核生物、果蝇、线虫中都已经有了利用酵母双杂交研究大规模相互作用组的研究报道〔1~7〕。最近有采用阵列接合(m ating)方法在人类相互作用组的研究报道〔8,9〕,它们为进一步全面细致的人类相互作用组研究项目提供了成功的范例和框架。在许多实验室酵母双杂交...  (本文共3页) 阅读全文>>

《计算机工程与应用》2008年32期
计算机工程与应用

基于蛋白质相互作用网络图的聚类方法

1引言在破译了基因序列的后基因组时代,蛋白质的相互作用研究已成为生命科学领域的一大热点,其作用不仅为注释未知蛋白的生物学功能提供了线索,也为了解生命活动的机制提供了必要的信息[11。与此同时,对蛋白质相互作用网络的研究也已经越来越得到重视,谱方法、马尔可夫随机场方法等都已经被用来寻找蛋白质功能模块和预测蛋白质功能。此外还有聚类方法,目前,聚类方法已成为寻找蛋白质功能模块和预测蛋白质功能的一类主要的方法[2]。Rives等[3暇设相邻蛋白质具有相似功能,用聚类方法来寻找网络功能模块。Bade:等日提出了在大规模蛋白质相互作用网络中能检测到联系紧密区域的图形聚类算法MCODE。Dimn等巧使用边间聚类算法,为扫描中小型蛋白质相互作用数据库提供了有效工具。Brun等阁利用相似度,进而采用聚类方法预测未知蛋白质的功能。2问题提出对于人类AD相关蛋白质相互作用网络图(如图l),根据蛋白质之间的相互作用,利用相似度,通过基于AAMV的K- ...  (本文共3页) 阅读全文>>

《长春大学学报》2007年04期
长春大学学报

蛋白质相互作用的研究方法及进展

蛋白质控制和调节细胞中诸多的生命活动,尽管有一些蛋白质主要以单体的形式发挥作用,但有很大一部分蛋白质,却是通过与别的配体结合或作为一个大的生物复合体中的一部分来参与细胞中的生命活动[1]。因此,了解细胞的功能必须从在孤立情况下和在与别的蛋白质分子相互作用的情况下两个层次上来认识蛋白质的功能。1已经用于鉴定和表征蛋白质间相互作用的一些标准技术1.1用GST融合蛋白研究蛋白质相互作用以GST融合蛋白为探针来鉴定蛋白质,能用新蛋白大规模筛选文库以鉴定新的相互作用,以及确定某些相互作用的蛋白质上的特定区域,虽然这种方法产生的结果是定性的,但是,GST融合蛋白可用于高度定量及复杂的分析中。1.2通过免疫共沉淀鉴定相互作用蛋白质当细胞在非变性条件下裂解时,完整细胞内许多蛋白质之间的结合保持下来,这一事实可用于检测和确定生理条件下相关的蛋白质之间的相互作用。利用该方法检测蛋白质之间的相互作用要求在一系列的清洗过程中保持复合体不变,因而该方法可...  (本文共4页) 阅读全文>>

《分析测试学报》2009年11期
分析测试学报

表面等离子体共振技术在蛋白质-蛋白质相互作用研究中的应用

细胞的代谢、信号传导以及基因表达调控等都与蛋白质的功能密切相关。蛋白质分子只有参与到蛋白质相互作用的网络中才能行使其功能。因此,研究蛋白质的相互作用,对于理解生物过程的分子机制、阐明疾病的分子基础、确定潜在的治疗靶点具有重要的理论意义。研究蛋白质相互作用常用的技术手段有:酵母双杂交系统[1]、免疫共沉淀技术[2]、荧光共振能量转移技术(FRET)[3]、等温滴定量热法(ITC)[4]、圆二色分析(CD)[5]、放射免疫分析(R IA)[6]、酶联免疫分析(ELISA)[7]等。本课题组利用电化学手段考察蛋白质在电极界面的电子传递机理,为研究蛋白质在生物体系中的电子转移机制及其结构和功能的关系提供有效的手段[8-10];利用免疫学方法通过研制电化学免疫传感器,实现对相应抗原的灵敏检测[11-12];利用化学计量学方法预测蛋白质的结构和功能[13-14]。虽然上述技术能够实现在天然状态下测定蛋白质的相互作用,并具有较高的通量、选择性...  (本文共7页) 阅读全文>>