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调控性SNP结构特征的生物信息学分析和分子动力学模拟研究

随着现代医学的发展和人民生活水平的提高,过去一些严重威胁人类健康的传染病、营养性疾病得到大幅控制,而遗传病则成为比较突出的问题。当前一些影响人类健康和寿命的主要疾病如高血压、糖尿病、癌症、精神疾病等都发现和遗传因素有不同程度的关联。因此,近年来寻找基因序列差异与常见疾病易患体质之间的相关性成为研究热点。对多种疾病开展的全基因组关联研究已给出很多与疾病相关的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP),其中多数位于非编码区。当前非编码区的功能性SNP中受到关注的是调控性SNP(regulatory SNP,rSNP),即位于顺式作用元件(如启动子、增强子、沉默子、绝缘子等)上并能够改变基因表达水平的SNP。验证调控性SNP的实验方法成本高,效率低,因此非常需要理论预测作为补充和指导。但是,目前调控性SNP理论分析和预测中存在的一个重要问题是:很多预测和分析侧重于解决SNP的定位问题,对于同  (本文共108页) 本文目录 | 阅读全文>>

《中国兽医学报》2017年03期
中国兽医学报

2株温和气单胞菌SNP位点比较分析

*Corresponding author,E-mail:liyhong@sina.com温和气单胞菌(Aeromonas sobria)属运动型气单胞菌,兼性厌氧性细菌,广泛存在于自然水域、土壤及水生动物体内,是一种人、鱼和其他动物共患的条件性致病菌[1]。该菌是目前中国养殖淡水鱼类、海产品以及中国人群中最常见的致病性弧菌之一[2-5]。该菌在条件温和时生长迅速,繁殖较快,受感染的鱼类在感染温和气单胞菌时可以通过消化道感染人,轻则腹泻、重则败血症。美国环境保护署(USEPA)已把气单胞菌列为严重致病菌候选名单。全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析,在花费较少时间的情况下可以快速得到高通量基因组数据,以便针对性的比较分析基因组间的结构差异,同时完成注释。本试验通过从疑似患有温和气单胞菌的病鱼体内分离筛选出强毒菌株A1和弱毒菌株B2进行全基因组测序,基于相同环境下致...  (本文共7页) 阅读全文>>

《实用癌症杂志》2017年04期
实用癌症杂志

VEGF的SNP状态预测贝伐株单抗治疗转移性结直肠癌的长期疗效

(The Practical Journal of Cancer,2017,32:531~535)在中国结直肠癌发病率及死亡率呈上升趋势[1],治疗复发转移性结直肠癌的主要方法是化疗联合靶向治疗。其中贝伐珠单抗通过特异性结合患者外周血内血管内皮生长因子(VEGF)起血管靶向治疗作用,使患者中位生存期延长到2年以上[2],但贝伐株单抗价格较贵,且有心脑血管损伤等比较严重的副作用[3]。无论是化疗还是贝伐珠单抗,仍无公认的疗效或毒性预测因子。国外有研究显示,转移性结直肠癌患者在接受贝伐单抗联合伊立替康为基础化疗后,VEGF-2578 AA和VEGF-1154 AA基因型预后较好[4],但相关研究较少。本研究针对60例转移性结直肠癌患者,测定其治疗前VEGF基因的单核苷酸多态性(SNP),进行长期生存随访,结果报告如下。1材料与方法1.1临床资料自2011年1月至2015年12月在佛山市第一人民医院治疗的60例转移性结直肠癌患者,有可...  (本文共5页) 阅读全文>>

《种子》2017年05期
种子

低温层积和SNP处理对白颖薹草种子萌发的影响

白颖薹草(Carex rigescens)别名小羊胡子草,属莎草科薹草属多年生草本植物,与卵穗薹草相似,是我国应用最早、园林价值较高的一种草坪植物[1]。白颖薹草由于种子采集时成熟度不一致、草种贮藏条件差异等原因,造成种子休眠程度不同,种子发芽率低[2],严重影响其在草坪植物生产中的应用。低温层积和硝普钠(SNP)处理种子,可以有效地解除种子休眠,并已成功运用于苔草种子[3]、蒿草种子[4]、黄芪种子[5]和羊柴种子[6]等草种的农业生产中。低温层积处理通过使种子中的抑制物质含量下降、种皮软化、种皮透性增加、种胚发育后熟等方法,为种子发芽提供有利的条件[7]。SNP可以破除种子休眠促进种子发芽[8],用SNP处理时,在植物体内它的分子会逐一分解,释放的NO分子可作用于植物体来增加种子通透性[9],缓解因代谢物质引起的膜质过氧化现象[10],从而加速种子发芽。以白颖薹草种子为试验材料,研究不同低温层积时间和SNP浓度对白颖薹草种子...  (本文共3页) 阅读全文>>

权威出处: 《种子》2017年05期
《中国现代中药》2014年11期
中国现代中药

基于SNP位点鉴定藏菖蒲及其近缘种

藏菖蒲为藏族习用药材,天南星科植物藏菖蒲Acorus calamus L.的干燥根茎。多年生草本,在亚洲、欧洲和北美洲均有分布[1]。藏菖蒲药材有温胃,消炎止痛的功效,用于补胃阳,治疗消化不良,食物积滞,白喉,炭疽等症[2]。现代药理研究表明藏菖蒲的主要活性成分为α-细辛醚和β-细辛醚,具有驱虫、抗菌、抗癌、治疗糖尿病、抗炎、降血脂、免疫调节、镇静等多种药理作用,同时对消化系统和神经系统也有明显的作用[3]。在我国藏菖蒲是药食同源的重要物种,首载于《神农本草经》,沿用至今。印度、北美等也广泛用作调味料和蔬菜水果食用。但是由于藏菖蒲的活性成分α-细辛醚和β-细辛醚对人类的“三致”(致癌、致畸、致突变)毒性[4,5],美国FDA(Food and Drug Administration)明令禁止食用藏菖蒲及其提取物。藏菖蒲被列为一级濒危藏药药材[6],药材资源缺乏,并且历史上沿革已久,同属多个物种均可药用,导致名称混乱。其与北美菖蒲...  (本文共6页) 阅读全文>>

《玉米科学》2015年02期
玉米科学

基于SNP标记的玉米自交系遗传多样性分析

了解掌握玉米自交系群体遗传结构、遗传多样性和类群间遗传关系,能使育种思路更加清晰,育种目标更易实现。随着生物技术的发展,人们先后借助RPAD、RFLP、SSR和SNP等不同分子标记手段,对目标研究群体多样性进行分析、群体结构分析、亲缘关系以及连锁不平衡程度估计。Delphine Van In-ghelandt[1]用359个SSR标记和8 244个SNP标记分别对1 537个玉米自交系进行群体结构和多样性分析,证实SNP标记能得出与SSR标记相似的结论。宋伟[2]筛选了48个玉米核心SNP位点,证明SNP位点的基因分型数据可以将105份自交系区分开。吴迅[3]基于56 110个SNP标记对367份重要玉米自交系的群体结构分析,把自交系群体分为外引种质和本地种质两个亚群,并细分归类于瑞德、兰卡斯特、塘四平头、温热I和P群5大杂种优势类群。在借鉴国内外玉米育种理论的研究和实践基础上[4~9],构建陕A群、陕B群两个杂种优势群,从中选...  (本文共5页) 阅读全文>>