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基于mtLSU rRNA和ITS1-5.8SrRNA-ITS2基因序列的肺孢子虫分子系统发育学研究

目的:以mt LSU rRNA和ITS1-5.8SrRNA-ITS2两种基因为分子标记,构建系统发育树,探讨肺孢子虫与宿主的进化关系以及属的分类地位。方法:采用按动物实际体重定量皮下注射地塞米松法诱导实验动物(SD大鼠、ICR小鼠、长爪沙鼠、新西兰白兔、C57BL/6N小鼠和豚鼠)感染肺孢子虫。收集实验动物肺泡灌洗液、肺组织、临床疑似病例痰液样本。提取肺孢子虫总DNA。设计合成扩增2个目的基因PCR引物,检验其特异性和敏感性。扩增目的基因,产物直接或克隆测序,分析比较序列的同源性和进化距离。结合GenBank中相关基因序列构建分子系统发育树。结果:从建立的PCP动物模型及临床病例样本获得了肺孢子虫DNA。获得了4种宿主该虫mt LSU rRNA基因5个序列,其中人1和长爪沙鼠肺孢子虫的该基因序列未见报道。获得4种宿主该虫的ITS1-5.8SrRNA-ITS2基因4个序列,其中长爪沙鼠和新西兰白兔肺孢子虫的该基因序列未见报道。构建  (本文共94页) 本文目录 | 阅读全文>>

南京农业大学
南京农业大学

中国牦牛分子系统发育的初步研究

世界牦牛起源于中国,中国是目前世界上拥有牦牛数量最多的国家。现代的家养牦牛是中国古羌人(即现代藏族人的祖先)在距今大约5000-10000年左右的旧石器时代,由野牦牛驯化而来的。在漫长的驯养历史过程中,经过环境变迁、地理隔离、自然选择和人工培育,中国牦牛已形成了许多各具特色和优良种质特性的类群,仅《中国牛品种志》中收录的优良品种就有5个,而各地有代表性的优良地方类型达11个之多。中国牦牛的遗传分化、分类和系统发育问题一直是困扰牦牛遗传学界的一个难题,虽然经过最近20年的努力,获得了不同水平的遗传多样性信息(形态学、细胞遗传学、生化遗传学和分子遗传学证据),但始终未能得出一个令人信服的结果,对中国牦牛的遗传分化和系统发育作出更加合理、满意的分析和解释。为了揭开中国牦牛系统发育之谜,我们决定采用多态信息含量最丰富的遗传标记之一——微卫星标记和基因组中多态性最丰富的基因家族——主要组织相容性抗原(MHC)来探讨中国牦牛的起源、遗传分化...  (本文共125页) 本文目录 | 阅读全文>>

华中农业大学
华中农业大学

鳅超科鱼类分子系统发育研究

鳅超科(Cobitoidea)是鲤形目(Cypriniformes)鱼类的重要组成部分。鳅超科中的鳅科(Cobitidae)和平鳍鳅科(Balitoridae)鱼类统称鳅类(Loach),二者间以及二者和鲤科(Cyprinidae)鱼类间的系统发育关系至今仍存在较大争议。中国是鳅类种类最为丰富的国家,有很多属、种为我国特有。鳅类是较为复杂的类群。目前,有关鳅类系统发育关系的报道较少,这就使鳅类的生物地理学过程研究变得较为困难。鳅类的分类及系统发育研究也直接影响到鲤形目鱼类的分类和系统发育研究。有关鳅超科鱼类系统发育的报道也较少,尤其从分子水平上来研究鳅超科鱼类系统发育关系目前还未见报道。因此,本研究采用鳅超科鱼类的线粒体细胞色素b基因(cyt b)和控制区(d-loop)序列作为分子标记,对鳅超科鱼类的分子系统发育关系进行研究,并依据得到的系统发育关系,推测鳅超科鱼类主要分支事件的发生和部分形态特征的演化。本研究得到如下主要结果...  (本文共135页) 本文目录 | 阅读全文>>

山东大学
山东大学

蜂猴属的分子系统发育及分子群体遗传学研究

(一)本文的研究背景1.蜂猴属(genus Nycticebus)概述蜂猴属(genus Nycticebus)隶属于哺乳动物纲-真兽亚纲-灵长目-原始猴亚目(Suborder strepsirrhine)-懒猴科(Family Lorisidae)。一般认为,蜂猴(Nycticebus coucang和Nycticebus bengalensis)和倭蜂猴(Nycticebus pygmaeus)是同隶属于蜂猴属的物种,它们都是体型较小的夜行性灵长类动物。蜂猴广泛分布于东南亚,在我国分布于云南南部、西南部、南部和广西西南部。倭蜂猴或小懒猴(Nycticebus pygmaeus)主要分布在越南,老挝,中国,可能也分布在柬埔寨。蜂猴是国家Ⅰ级保护动物,被列入CITES附录2,IUCN红色名录将其列为濒危物种。倭蜂猴亦属国家Ⅰ级保护动物,列入CITES附录2,IUCN将倭蜂猴列为易危物种。倭蜂猴是目前所有原始猴中研究最少的物种之一...  (本文共214页) 本文目录 | 阅读全文>>

中国科学院研究生院(水生生物研究所)
中国科学院研究生院(水生生物研究所)

骨鳔鱼类若干类群的分子系统发育和分化时间估算

骨鳔总目鱼类(Ostariophysi)隶属于鲱形亚部(Clupeocephala),是真骨鱼中的第二大总目,由非耳鳔系(Anotophysi)和耳鳔系(Otophysi)组成;其中非耳鳔系指鼠鱚目,耳鳔系包括鲤形目、脂鲤目、鲇形目、电鳗目。解决骨鳔鱼类及其相关类群的高阶系统发育关系有助于解决基部真骨鱼的分化,而且为主要的淡水类群——世界性分布的耳鳔系鱼类的历史生物地理学分析奠定基础。然而,骨鳔鱼类的系统发育关系和历史生物地理学分析尚有较大空白和争议。我们选择四个类群,从不同的分类阶元来研究其分子系统发育和估算分化时间。因此,本论文主要分为四个部份。其主要的研究结论如下:1. U17 snoRNA是H/ACA纲的snoRNA,参与rRNA的加工成熟。我们测定了49种鱼类、67条rpS7 intron6序列,得到U17 snoRNA f copy,共计55个单倍型,包括42种骨鳔鱼类,7种外类群。综合从GenBank下载的4条U1...  (本文共223页) 本文目录 | 阅读全文>>

甘肃农业大学
甘肃农业大学

中国主要地方鸭品种分子系统发育的研究

我国幅员辽阔,地大物博,拥有非常丰富的家禽遗传资源,是养鸭最早的国家之一。在漫长的驯养历史过程中,经过环境变迁、地理隔离、自然选择和人工培育,中国鸭品种已形成了许多特色和优良种质特性。本研究利用17个微卫星标记,对中国9个地方鸭品种及一个野鸭种群共516个个体进行DNA多态性测定。对等位基因频率进行Hardy-Weinberg平衡检验,分别计算等位基因数Na、平均基因杂合度H、多态信息含量PIC;估计有效等位基因数Ne和用来测量群体间的遗传分化程度的指标的F-统计量、基因分化系数Gst;依据Fst值估计基因流Nm;并采用Nei标准遗传距离法Ds(Nei's standard genetic distance )和Cacalli-Sforza和Edward的弦遗传距离Dc计算各个品种间的遗传距离和遗传相似系数;在此基础上,采用UPGMA及NJ法构建系统发生树,估算了遗传分化时间。结果表明,所使用的鸭微卫星扩增产物稳定、清晰,发现6...  (本文共104页) 本文目录 | 阅读全文>>