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鉴定不同基因组之间差异序列的新方法研究

鉴别不同生物基因组的差异及其序列信息,有助于揭开物种间进化的规律,对于分子层面上的物种进化研究具有重要意义。对于近源物种,鉴定不同基因组之间差异序列,可以阐明与某些重要性状形成有关的基因,以及这些基因如何发挥作用。对于亲源关系较远的物种,差异序列可以作为构建进化树中的中间标记物种。如物种的全基因组测序完成后,可通过计算机进行数据库分析,直接找出物种间的差异。但对于基因组过于复杂的真核生物而言,目前难以对所有生物进行全基因组测序。近年来,出现了很多分离和鉴定物种之间差异序列的方法。这些方法大都是建立在差减杂交的基础上,基本原理是去除二者之间的共有序列,使差异序列得到富集。差减是否彻底是差减杂交能否成功的瓶颈,因此如何判断差减是否完成成为差减杂交最值得关注的问题。但现有的差异分析方法中,尚无有效的措施监控杂交过程,容易造成高假阳性。代表性差示分析(representative difference analysis,RDA)将“动力  (本文共109页) 本文目录 | 阅读全文>>

天津大学
天津大学

原核生物基因识别算法研究和基因组进化分析

随着DNA 测序技术的进步,迄今为止已有一百多种原核生物基因组完成测序。基因识别是进行基因组分析的第一步,在生物信息学研究中占有重要的地位。本论文主要研究内容是原核生物的蛋白质编码基因识别算法和基因组进化分析。论文第一部分首先介绍了DNA 序列的Z 曲线理论,这是我们分析原核生物基因组的主要工具,因此建立了一个与基因识别关系密切的原核和真核生物基因组Z 曲线数据库。论文第二部分是围绕细菌和古细菌基因识别问题展开的。首先,我们发现了高G+C含量细菌基因组ORFs的一个新的碱基分布模型。该模型呈花状结构,有6 个花瓣状区域,其中一个区域对应于编码序列。这一有趣的发现对改进高G+C 含量细菌基因组的基因识别问题有指导意义。其次,我们提出了一种基于自训练的细菌基因起始预测算法GS-Finder 1.0。它有效地整合了基因翻译起始位点附近的多个生物学特征,取得了较好的预测成绩。最后,我们提出了一个细菌和古细菌基因识别算法ZCURVE 1....  (本文共155页) 本文目录 | 阅读全文>>

中国海洋大学
中国海洋大学

节旋藻/螺旋藻基因组特性初探及硝酸盐转运蛋白基因克隆与序列分析

节旋藻/螺旋藻(Arthrospria/Spirulina)因其重要的经济价值和特殊的生物学性质而受到广泛关注。虽然其分子遗传学研究开展较早,但与其它已测序模式蓝藻集胞藻(Synechocystis)PCC 6803、聚球藻(synechococcus sp.)WH 8120、鱼腥藻(Anabaena)PCC 7120和念珠藻(Nostoc punctiforme)等相比,其研究进展十分缓慢。目前已克隆并发表的节旋藻基因仅30多个,有关节旋藻基因组学研究尚属空白,对节旋藻基因组特性更加缺乏了解。本研究针对节旋藻自身结构和成分上的特点,通过优化实验方法构建了极大节旋藻(Arthrospria maxima)FACHB438高分子量、高覆盖率的基因组fosmid文库。该文库含有4300个克隆,重组频率是97.1%,插入片段平均大小为36.1kb,覆盖了节旋藻基因组的27.9倍。高分子量、高覆盖率节旋藻基因组文库的构建为物理图谱的绘制...  (本文共146页) 本文目录 | 阅读全文>>

《生物学通报》1992年01期
生物学通报

人类和某些动植物的基因组大小

┌───────┬────────────┐│物种 │基因组大小(百万碱基对.) │├───────┼────────────┤│人类 │ 5800 ││黑腹果蝇 │ 150 ││普通栽培稻 │ 970 ││小麦 │ 5900 ││玉米 │ 5000 ││豌豆 │ 4500 ││豌豆(线校体...  (本文共1页) 阅读全文>>

南京师范大学
南京师范大学

江豚种群基因组学及鲸类骨骼微结构适应机制研究

鲸类作为物种演化历史上一类非常重要的次生性水生哺乳动物,成功的适应了水生环境并且快速的辐射进入到全球的各个水域。为了适应水生生境,鲸类外部形态和生理、生态产生了一系列的适应性改变。其中骨骼内部形态发生了巨大的改变,从典型的陆生形式转变为半水生的骨硬化形式,再到完全水生的骨质疏松骨骼形式。然而,这一适应性改变的分子机制尚不清楚。江豚为小型齿鲸,隶属于海豚科,江豚属。江豚分布于亚洲的印度洋和太平洋海域,以及一些大江河流中,在中国黄海、南海和长江水域广泛分布。目前对于江豚内部的分类有两种方式:第一种是将其分为三个亚种:南海亚种(N.phocaenoidesphocaenoides)、黄海亚种(N.phocaenoides sunmeri)以及长江亚种(N.phocaenoides asiaeorientalis);第二种是首先将其分为印度洋宽脊江豚(Neophocaena phocaenoides)和窄脊江豚(Neophocaena ...  (本文共133页) 本文目录 | 阅读全文>>

中国农业大学
中国农业大学

玉米Mo17基因组组装及与其它玉米基因组的比较

玉米是全世界三大最重要的粮食作物(水稻、玉米、小麦)之一,也是总产量最高的粮食作物,同时还是重要的动物饲料、工业原料来源。玉米是植物遗传学研究领域的模式生物,其复杂的基因组结构及丰富的遗传信息为比较基因组学、功能基因组学、数量遗传学等重要学科与研究方向提供了很好的材料。玉米杂种优势现象非常明显,不同自交系之间存在着丰富的形态学和遗传学多样性,研究这种多样性产生的原因和机制,能够为解析杂种优势机理提供思路,并为玉米基因组基因克隆、遗传育种改良等提供重要帮助。本研究通过对玉米自交系MO17基因组进行深度测序并组装,并与B73和PH207基因组进行全基因组水平的比较,以期揭示自交系之间的遗传差异与杂种优势之间的联系。主要结果如下:1.综合使用PacBio SMRT测序技术、Bionano光学图谱技术及Illumina测序技术对Mo17自交系基因组进行组装。最终组装的Mo17基因组大小为2.18 Gb,其中contigsN50长度为1....  (本文共90页) 本文目录 | 阅读全文>>