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1.生物信息学辅助克隆并分析人肾脏能量代谢相关基因hSDCT2 2.用基因芯片研究衰老及中药治疗SLE后肾脏的基因表达谱变化

第一部分 生物信息学辅助克隆并分析人肾脏能量代谢相关基因hSDCT2为了探讨能量代谢相关基因hSDCT2(human sodium-dependent dicarboxylate co-transporter,人高亲和力Na~+依赖性二羧酸转运蛋白)在人体内的生理功能及其与疾病的关系,借助生物信息学技术成功地从人肾中克隆了hSDCT2基因。首先将大鼠SDCT2 cDNA与人EST数据库进行同源性比较,获得具有高度同源性的EST片段并用DNAstar软件将它们拼接成EST重叠群,然后在重叠群上设计PCR引物从人肾总RNA中用RT-PCR扩增出hSDCT2基因并用网上分子生物学软件对其结构特性、组织分布及基因定位进行分析。序列测定结果显示hSDCT2开放阅读框为1809bp,共编码602个氨基酸。蛋白同源性分析表明其氨基酸序列与大鼠及小鼠SDCT2分别有85%和87%相同。二级结构预测显示该蛋白有12个跨膜螺旋区。该基因可在肾、肝、  (本文共82页) 本文目录 | 阅读全文>>

第一军医大学
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SARS冠状病毒检测寡核苷酸基因芯片的研制及应用

SARS冠状病毒(SARS-CoV)感染所引起的严重急性呼吸综合征(SARS),2003年冬春之际在我国以及世界上多个国家和地区的爆发流行,对人类健康、经济发展和社会稳定造成了严重的危害。早期、快速、准确的诊断,对于SARS的预防和隔离至关重要。目前常用的诊断措施包括病毒分离培养、免疫学方法、基于PCR的检测技术等等,但分别存在难以早期诊断、敏感度低、实施困难或假阳性高等缺陷。本课题研究采用基因芯片技术,探索对SARS冠状病毒感染的早期、敏感、准确和快速检测。基因芯片是近年来兴起的基因检测新技术。特别是最近迅速发展的长链寡核苷酸基因芯片技术(60-70 mer Oligo Microarray),为从基因水平高度特异性的检测SARS-CoV提供了可能。本研究还采用一种全基因组的标记方法,与基因芯片检测的大规模、高通量特性相配合,为基因芯片在临床诊断中的应用做出了贡献。本研究首先确立了长链寡核苷酸基因芯片实验的基本条件,通过采用几...  (本文共99页) 本文目录 | 阅读全文>>

第一军医大学
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基因芯片用于鼠疫耶尔森菌检测的研究

鼠疫是由鼠疫耶尔森菌所致的烈性传染病,曾在人类历史上三次大流行,并造成约2亿人死亡,全世界为之战栗。过去几十年鼠疫在全球范围内的流行都已经得到有效的控制,但近年陆续又有一些自然疫源地复燃和新自然疫源地出现,以及可能被生物恐怖分子用作武器,使其仍然是公众健康安全的隐患。因而我们需用分子生物学手段对该疾病重新认识,并在快速诊断和疫苗研制上取得了新的突破,才能从根本上遏制住它的再次大流行,现在利用基因芯片技术对鼠疫菌做进一步的研究仍具有现实意义。基因芯片技术是上世纪90年代兴起,源于计算机集成化芯片理念的一门新技术。实质就是利用Southern blot原理,以可寻址的方式在载体表面,有序地点阵排列大量DNA双链或Oligo探针。这些被固定在基质的探针上就形成了高密度DNA微阵列。样品DNA或RNA经过荧光标记,与阵列上的探针进行杂交反应,按照碱基互补配对原则,探针特异性地结合相应被荧光标记的分子。用激光激发荧光标记物,就可获得样品分...  (本文共104页) 本文目录 | 阅读全文>>

四川农业大学
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鸡新城疫、鸡传染性支气管炎基因芯片的构建及其检测技术研究

鸡新城疫(Newcasttle Disease,ND)和鸡传染性支气管炎(Infectious Bronchitis,IB)是鸡的主要呼吸道传染病,严重危害养鸡业的发展。基因芯片技术是近年来发展起来的一种生物新技术,该技术可应用于基因表达谱分析、基因位点突变分析和疫病检测等方面。本研究首次构建制备了NDV-IBV基因检测芯片,建立了检测NDV、IBV基因芯片检测新技术,该技术对NDV、IBV的检测具有同步检测和鉴别诊断的功能,是动物疫病病原检测方法新的突破和进步。本研究的主要研究内容包括以下三个方面:1、NDV-IBV检测基因芯片的靶基因克隆及鉴定研究对NDV和IBV等病原进行分子生物学特征分析,根据文献和GenBank中报道NDV、IBV、AIV和IBDV的基因序列,用DNA Club2.0或Arraydesigner 2.0软件设计了5对NDV靶基因引物、4对IBV靶基因引物、2对AIV和1对IBDV对照靶引物。试验以NDV...  (本文共140页) 本文目录 | 阅读全文>>

内蒙古农业大学
内蒙古农业大学

新发肠道致病菌检测基因芯片的研制及初步应用

对于肠道致病菌,传统的细菌培养方法和 PCR 检测技术已不能完全满足高通量、快速的检测与鉴定要求。基因芯片(寡核苷酸微阵列)技术的出现,实现了对样品的高通量检测与筛选,检测效率是传统检测手段的成百上千倍。但目前基因芯片技术应用于肠道致病菌的研究还仅仅处于初期阶段。 本研究针对肠出血性大肠杆菌 O157:H7 的 stx1,stx2 毒力基因和含有特异性突变位点的 uidA 基因,霍乱弧菌 O139 的毒力基因 ctxA,tcpA 和含有特异性核酸序列的 LPSgt 基因,将寡核苷酸芯片检测技术应用于肠出血性大肠杆菌 O157:H7 和霍乱弧菌 O139 两种病原体的检测及鉴定的研究,实现了肠出血性大肠杆菌 O157:H7 和霍乱弧菌 O139 两种病原体的同时多样本检测,并对以下问题进行了研究和探讨。 1)寡核苷酸芯片制备工艺条件的确定与优化:以醛基片为片基,采用 3’端氨基加连接臂修饰的寡核苷酸探针,点样制备芯片。 2) 针对...  (本文共99页) 本文目录 | 阅读全文>>

中国医科大学
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HBV基因芯片的制备及其在临床应用的研究

前言乙肝病毒(HBV)的感染呈世界性的分布,乙肝病毒基因组分为多个亚型,一种是根据S区的氨基酸差异划分的血清型,一种是根据核苷酸序列差异划分的基因型。目前对乙肝基因分型方面的研究表明:HBV的临床特点、预后及治疗结果与HBV的基因型有关,与血清型的关系不明显,所以HBV的基因分型对于临床有重要的指导意义,越来越受到重视。目前临床上对乙肝病毒检测的方法基本是ELISA方法,对乙肝病毒的基因分型通常采用测序的方法,HBV分型试剂正在研究和开发中。基因芯片的问世为HBV的分型检测提供了一个较好的解决方法,本课题目的在于建立用于HBV病毒检测和分型基因芯片的探针设计和芯片制备方法,建立一个比较完整的基因芯片点样、封闭、杂交和检测的操作体系,并对芯片的特异性、灵敏度和重复性进行测试和分析,对HBV芯片在临床上的应用进行了探索。实验材料芯片引物和探针,由上海生工公司合成。PCR试剂盒,购于华美公司。临床血清标本来自中国医科大学第一和第二临床...  (本文共101页) 本文目录 | 阅读全文>>