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蛋白质-表面活性剂组装结构的分子模拟

采用Langevin分子动力学方法模拟β模型蛋白与表面活性剂在溶液中形成的各种组装结构,考察了表面活性剂疏水性强度与浓度对蛋白质分子构象的影响.结果显示:弱疏水性表面活性剂可以在蛋白质表面自  (本文共8页) 阅读全文>>

《广州化工》2016年21期
广州化工

Materials Studio软件在分子模拟课程教学中的应用

分子模拟是一门理论性较强的课程,针对分子模拟涉及概念抽象、理论性强等特点,将Materials Studio分子模拟软件引入到具体的教学过程中,以便让学...  (本文共3页) 阅读全文>>

《现代化工》2001年07期
现代化工

分子模拟与化学工程

从分子水平来研究化工过程及产品的开发和设计是 2 1世纪化学工程的一个重要方向。综述了计算机分子模拟中的MonteCarlo分子模...  (本文共5页) 阅读全文>>

《矿物岩石》1988年03期
矿物岩石

分子模拟及其矿物学应用

本文介绍了分子模拟作为一种理论工具的原理及其在矿物研究各个方面的应用,并...  (本文共10页) 阅读全文>>

清华大学
清华大学

分子模拟在生命有机磷化学中的应用

用分子模拟的方法研究有机化学问题、揭示有机化学反应机理、解释并预示有机化学实验现象,这种“在计算机上进行的模拟实验”与传统的“有机化学实验”相辅相成,正在成为有机化学研究的重要手段。本论文围绕所属课题组在生命有机磷化学实验研究领域的重要成果,用分子模拟的方法对实验现象的分子机制进行了探讨和理论预测。在本论文中,我们以5’-TpTpdC-3’作为DNA模型物,用分子对接方法系统研究了具有不同DNA切割活性的相关二肽与DNA分子间相互作用情况,探讨了二肽结构与切割活性的关系,提炼了小肽具有切割活性所必须的结构特征(Key Structure Features)。对设计的新型非肽类切割剂与DNA相互作用情况进行了预测,理论预测结果与实验一致。另外,我们还从丝组二肽与缓冲试剂相互作用的角度,探讨了缓冲试剂竞争性抑制丝组二肽切割活性的可能性,从而对丝组二肽切割作用的缓冲试剂依赖现象做出了理论解释。本论文从五配位磷中间机制出发,通过对蛋白质...  (本文共131页) 本文目录 | 阅读全文>>

北京化工大学
北京化工大学

模型流体过量性质的分子模拟与活度系数模型

流体过量Gibbs自由能G~E的计算是计算机分子模拟中一个极为复杂的问题。本文推导了用移除粒子方法计算流体G~E的公式,并对模型流体进行了模拟。结果表明,这种方法可以很好地用于分子尺寸不同而分子能量参数相同的混合物体系。对分子能量参数不同的体系,能够很好地预测G~E的变化规律。这种方法在程序上易于实现,计算量也小。本文推导了用于计算线性Lennard-Jones(LJ)流体内能、压力和化学位的长程校正公式,并将其用于线性-球形分子混合物体系的计算机分子模拟中。本文用Monte Carlo法模拟计算了在不同组成下方阱流体混合物的过量Gibbs自由能、内能和密度。本文将Monte Carlo法用于NPT系综中,系统地模拟了在不同温度、压力、组成、分子尺寸和分子能量参数下LJ流体和流体混合物的内能、密度、及过量性质。应用Monte Carlo法模拟了在NPT系综中线性-球性分子混合物体系的内能、密度和过量性质随组成的变化情况。为了揭示...  (本文共128页) 本文目录 | 阅读全文>>