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基因表达与基因功能的关联分析

利用基因在KEGG中的通路信息和LocusLink中的染色体位置信息,同时使用三种相似性测度对在通路上功能相关且在染色体上位置相近基因的表达进行了分析,得到以下结果;(1)  (本文共4页) 阅读全文>>

南京农业大学
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大豆磷效率相关性状的关联分析及GmG3PT1基因功能的初步研究

大豆是重要的粮食和油料作物,为全球提供了约2/3的植物蛋白和1/3的植物油脂,但是大豆产量一直较低,其中低磷胁迫是限制大豆生产的主要因素之一。培育磷高效大豆品种是提高大豆在低磷胁迫环境下获得高产的有效途径。我国大豆种质资源丰富,鉴定与大豆磷效率相关的有利等位变异,将有助于改良大豆耐低磷特性,最终促进大豆产量的提高。研究大豆磷效率相关基因对揭示大豆磷效率相关机理以及大豆种质资源的改良具有重要意义。本研究以191份栽培大豆为材料,通过两年一点的田间试验鉴定分析与磷高效相关的SNPs位点,探索了大豆在苗期和成熟期磷效率相关性状的遗传基础。另外根据拟南芥的基因序列,同源克隆了大豆中可能与磷效率相关的基因GmG3PT1基因,并对该基因功能进行初步研究。本文主要研究结果如下:1.对191份大豆材料在施磷和缺磷处理条件下的株高、地上部干重、总磷浓度、磷吸收效率以及磷利用效率这5个性状进行鉴定,并与1142个SNPs进行条件关联分析,共检测到9...  (本文共149页) 本文目录 | 阅读全文>>

中国农业科学院
中国农业科学院

杜洛克猪饲料利用效率相关性状的全基因组关联分析及mRNA表达谱研究

饲料成本占养猪成本的60%以上,尤其在集约化大群饲养的情况下,效率利用效率是饲养成本高低的决定性因素之一。所以通过遗传学手段,获得重要的候选基因,对饲料利用效率指标进行遗传改良,是我们尚待解决的重要问题。由于饲料利用效率的主效基因及调控机制研究还尚不清楚,本研究对已报道的候选基因进行分析,确定主要的候选基因及因果突变位点;再利用全基因组关联分析的方法筛选杜洛克群体饲料利用效率相关性状的候选基因;并通过RNA-seq手段对RFI高低组的垂体组织进行转录本表达量分析,获得重要的调控通路及网络。主要的研究如下:1.对已报道的RFI性状候选基因MAP3K5和GPX2进行深入研究。由于MAP3K5基因还没有全长,所以我们首先扩增获得了MAP3K5基因的mRNA 5451bp全长,分析了基因结构及组织表达情况。并发现RFI高低组中,MAP3K5基因的拷贝数也存在显著的差异。MAP3K5基因的2个SNP位点与RFI性状显著相关,1个SNP位点...  (本文共130页) 本文目录 | 阅读全文>>

华中农业大学
华中农业大学

猪骨骼肌发育相关新基因家族BTG/TOB的克隆及功能研究

提高猪生产性状一直以来都是育种学家们追求的目标之一。猪瘦肉产量和质量主要取决于胚胎发育期肌纤维数量的增生和生后期肌纤维体积的膨大。猪肌肉生长速度与胚胎期形成的肌纤维数目呈正相关,同时也受肌纤维中蛋白质的合成和降解速度差异的影响,但胚胎肌发生时期形成的肌纤维数量是动物产肉量的重要决定因素。另一方面,肌纤维的肥大又与肌肉应激或肉质下降等问题有关。因此,如何最有效地平衡肌肉生长速度与肌肉品质需要我们对肌纤维的发育有一个全面深入的了解。本实验室在以通城和长白猪胚胎发育不同时期的骨骼肌构建的LongSAGE文库中发现了一大批差异表达基因,本研究在此基础上,选取对早期肌纤维增殖有显著影响的BTG/TOB基因家族,开展了5个新基因的克隆、定位及其功能研究工作,得到如下结果:1.以LongSAGE文库中差异表达标签(tags)为基础,结合生物信息学与实验验证克隆获得了猪BTG1、BTG2和BTG3基因包含完整CDS的cDNA序列以及BTG4基因...  (本文共133页) 本文目录 | 阅读全文>>

华中农业大学
华中农业大学

木薯抗旱性关联分析和两个MYB基因自然变异分析

木薯是重要的粮食作物、能源作物,主要种植于热带、亚热带地区,常受到季节性干旱的影响,对间歇性干旱具有较强的耐受性。对木薯群体进行耐旱性评价、研究木薯耐旱机理并挖掘优良耐旱等位基因,可为木薯高产抗旱品种选育奠定基础。本研究以木薯自然群体(包括来自于13个国家和地区的150份木薯种质)为研究对象,调查与地上部鲜重和储藏根产量相关的性状,并收集了6个与干旱胁迫响应相关的生化指标的表型数据,分析评价干旱胁迫对木薯群体的影响,筛选木薯耐旱品种。通过EST-SSR标记和简化基因组测序两种通量的基因分型方法,我们获得了木薯群体的全基因组标记基因型。为了挖掘耐旱相关基因,我们将基因型与抗旱性状表型数据进行了全基因组关联分析,同时结合已报道的木薯转录组和蛋白组数据筛选耐旱相关的等位基因。另外,多个MYB家族成员被证实与木薯干旱胁迫响应有关,为了了解MYB基因的自然变异和抗旱性状之间的关系,为MYB基因的功能验证提供证据和方向,本研究对其中的两个R...  (本文共182页) 本文目录 | 阅读全文>>

中国农业大学
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中国荷斯坦牛乳成分性状候选基因的鉴定及其遗传效应分析

挖掘与鉴定影响奶牛乳成分性状的关键基因或致因突变是实施奶牛低脂高蛋白新品系分子培育的前提与基础。本研究旨在利用基因组学、转录组学、生物信息学、统计遗传学等技术,鉴定影响奶牛乳成分性状(乳脂肪酸和乳蛋白)的候选基因及SNPs,进而对其进行大群体遗传效应分析,以确定真正的致因基因或是遗传效应较大的基因。利用全基因组关联分析(GWAS)鉴定牛乳脂肪酸含量候选基因。以北京地区18个牛场的21头公牛家系的784头中国荷斯坦母牛为研究群体,以Illumina BovineSNP50芯片为基因型,气相色谱法获得22个脂肪酸性状的含量为表型,采用PLINK软件进行GWAS。分析共发现84个全基因组显著水平SNPs和314个潜在显著SNPs同18个脂肪酸性状关联,主要位于BTA5、10、14、17和26上;一些显著SNPs位于或距离很近同已知影响乳成分性状的DGAT1、FASN、 SCD等18个功能基因;结合乳成分QTL区域及基因功能注释,提出了...  (本文共217页) 本文目录 | 阅读全文>>