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应用死端排除法考虑分子对接中的侧链柔性

假设分子对接面的紧密堆积类似于蛋白质内部的紧密堆积,因此用于蛋白质内部的侧链构象预测方法,如死端排除法,可应用于分子对接面内的侧链构象预测。应用9个晶体结构对这一假设进行检验,结果表明假设基本正确。对2个蛋白酶  (本文共6页) 阅读全文>>

《生理科学进展》2012年05期
生理科学进展

反向分子对接-药物靶点发现和确认的新途径

随着药物发现与中药现代化进程的加快,越来越多的活性先导化合物和天然产物的作用机制亟待阐明,而作用靶点...  (本文共4页) 阅读全文>>

广州中医药大学
广州中医药大学

基于分子对接-转录组学探讨清肺理痰方干预AECOPD的机制及临床研究

研究目的:1、基于分子对接技术探究清肺理痰方治疗慢性阻塞性肺疾病急性加重期(AECOPD)的作用机制。2、探讨清肺理痰方对慢性阻塞性肺疾病急性加重期(AECOPD)大鼠的保护作用及其机制。3、采用随机、单盲的临床研究试验,探讨请肺理痰方在改善慢性阻塞性肺疾病急性加重期患者的临床症状及血气分析结果的效果。研究方法:1、从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中获取清肺理痰方中的化学成分,再根据Lipinski规则(LR)、药物相似性(DL)和口服生物利用度(0B)特性筛选出清肺理痰方中的有效化学成分,并在TCMSP数据库与分析平台获取其三维结构。采用Discovery Studio 4.5和AutoDock Vina分子对接软件,构建慢性阻塞性肺疾病急性加重期相关的受体靶点,并确定其空间坐标。再将其与经筛选和处理后中药复方中的有效化学成分进行对接运算。2、将50只大鼠随机分为正常对照组,模型对照组,清肺理痰方大、中、小剂量组...  (本文共71页) 本文目录 | 阅读全文>>

辽宁中医药大学
辽宁中医药大学

基于分子对接的射干抗气道炎症机制研究

目的:本专题借助国家自然科学基金和国家“十二五”重大新药创制项目资助,拟以射干药材为研究对象,通过古典医籍考证及现代文献资料,初步确定药材功能主治及临床适用病症;利用临床验证试验明确适用病症筛选的准确性;采用动物实验,探索药物对筛选病症的初步作用模式;依靠分子对接技术,预测药材活性组分与体内受体蛋白靶点之间的结合模式和亲和力,模拟药物可能的作用机制;采取模型动物实验,选择模拟筛选的作用靶点为测定指标,从蛋白表达、体内生物标记物变化方面对所预测的机制进行试验验证,确定药物治疗疾病多成分、多途径、多靶点作用机制,探讨建立中医药转化医学研究的新方法及新技术可行性。材料与方法:1.通过查阅春秋战国至明清时期的古典医籍,结合射干古代方剂配伍应用考察分析,对射干及其组方在不同历史时期功能主治、适用病种及性味归经进行归纳,明确了射干应用的演变过程。利用《普济方》数据库管理系统,对射干跨病种检索,可得含射干复方在治疗所有疾病的分布情况,并与历代...  (本文共123页) 本文目录 | 阅读全文>>

浙江大学
浙江大学

基于分子对接的虚拟筛选方法的评测、优化和应用

苗头化合物的发现是新药研发过程中的关键环节之一。组合化学、高通量筛选等技术的出现虽然显著加快了新化合物的合成和筛选速度,但其昂贵的费用和低下的成功率却严重限制了它们在苗头化合物发现中的应用。虚拟筛选作为一种与高通量筛选互补的新技术,受到了研究机构和制药企业越来越多的关注和重视。利用虚拟筛选技术可以针对特定靶标,从海量虚拟化合物库中快速富集具有潜在活性的分子,大幅减少实验筛选阶段受测试化合物数量,并有效提高筛选的成功率。近年来,随着生物大分子三维结构被不断解析,基于分子对接的虚拟筛选方法在苗头化合物发现研究中的优势愈加明显。然而,现有分子对接理论本身并不完善,加之对接程序众多且性能不一,在实际使用中的成功率往往千差万别。因此,如何通过制定和优化筛选方案来提高成功率是基于分子对接的虚拟筛选中的重要研究课题。在本论文中,我们首先系统评估了主流分子对接程序在不同类型靶标上的性能,然后针对这些对接程序存在的不足提出了改进的方法和策略,最后...  (本文共179页) 本文目录 | 阅读全文>>

大连理工大学
大连理工大学

药物设计中分子对接优化设计的算法和软件研究

分子对接是药物发现和设计中一种非常重要的方法,也是国内外前沿研究课题,具有交叉学科的研究特点。它利用计算机模式识别和优化技术,在三维结构数据库中搜索能与特定药物作用靶点在几何和化学上相匹配的分子,实现计算机辅助药物筛选(虚拟筛选)。虚拟筛选节省了大部分化合物合成或购买以及实际生物测试的时间和花费,大大加快了新药研发的过程并降低了成本。分子对接的优劣和效率是虚拟筛选成功与否的关键,本文的主要工作正是围绕这一方向开展。首先综述了药物设计中分子对接方法的研究现状。在深入研究分子对接理论的基础上,发展了一种基于信息熵的分子对接设计多种群演化模型,该模型除包括传统对接模型的优化目标外,还含有由信息熵组成的目标函数。信息熵用于衡量优化过程中最优解出现在哪一个种群中的不确定性,随着优化过程向最优解的逼近,这种不确定性逐步消除,伴随着最优解的达到熵减为最小值零。文中证明了这一新模型和传统模型的等价性,由于信息熵的介入使遗传演化中蕴含着的进化目的...  (本文共131页) 本文目录 | 阅读全文>>