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生物序列拼装欧拉路径算法的Gamma描述及其并行化研究

1 前 言生物基因测序是生物信息学一个重要的研究领域 .提高生物序列拼装的精度和速度对于生物基因测序有着重大意义 .生物的 DNA由 A,C,G,T四种碱基组成 .由于 DNA包含的碱基数量极其巨大 ,无法采用某种手段一次测出 ,因此 ,在生物学上普遍采用将较长的序列做多个克隆 (通常是 5到1 0个 ,即采用 5到 1 0倍的覆盖率 ) ,将这些克隆用酶随机切割成小片断 ,然后由测序反应测出小片断上各个位置上的碱基并通过自动测序仪直观的读出 A,C,G,T的序列 .这些序列经过电脑加工、检查质量 ,用序列拼装程序将相互重叠的序列拼接起来 .如果中间有“空洞”(gap) ,还要将这些“空洞”用各种技术“补”起来 ,最后形成一个大片断克隆的完整序列 .在过去的 2 0年中 ,序列拼接程序采用的方法都是 :over-lap- layout- consensus〔4〕,即将序列小片段进行比对 ,找出其中质量好的重叠片段 ,由它们得到一...  (本文共5页) 阅读全文>>

《红外技术》2004年01期
红外技术

新型Gamma射线像增强器

引言早期Gamma射线像增强器均采用闪烁体和电子光学系统分离的方法[1] ,其缺点是结构复杂。近年来发展成微通道板 (MCP)双近贴Gamma射线位敏像增强器[2 ] ,它由一厚MCP作为Gamma射线像增强器的转换器 ,其在Gamma射线轰击下产生光电子并放大 ,再经过薄MCP进一步放大 ,由位敏读出信号经显示成像。我们研制的Gamma射线像增强器结构示意图如图 1所示 ,主要包括如下 4个部分 :1 )输入窗。一个厚 0 .2mm的薄钛窗 ,其对Gamma光子的吸收可以忽略不计。 2 )转换器。镀有 1 0 0 μm金膜的厚MCP ,其既起到转换器作用 ,又起到倍增器作用。 3)倍增器。薄MCP ,对电子进行倍增放大。 4 )荧光屏。Gamma射线像增强器的工作原理如下 :Gamma光子打到金膜上产生的光电子进入MCP孔道得到倍增 ;穿过金膜的Gamma光子与MCP相互作用产生光电子 ,并进行倍增 ;倍增后的两部分电子经过加...  (本文共3页) 阅读全文>>

《中国煤炭工业医学杂志》2004年04期
中国煤炭工业医学杂志

Gamma钉治疗股骨粗隆周围骨折

我院 1999年 6月— 2 0 0 3年 2月应用Gamma钉治疗股骨粗隆周围骨折 (本组指股骨颈基底、股骨粗隆间及粗隆下骨折 ) 2 5例 ,随访 6~ 18个月 ,取得了比较满意的疗效 ,报告如下。1 临床资料1.1. 一般资料 本组 2 5例 ,男 14例 ,女 11例。年龄 5 8~ 77岁 ,平均 6 7.4岁。左侧 15例 ,右侧 10例 ,包括病理性骨折 2例。股骨颈基底部骨折 6例。按Garden分类 :Ⅱ型 1例 ,Ⅲ、Ⅳ型 5例 ,股骨粗隆间骨折 17例。按Evans标准分类 :Ⅱ型 2例 ,ⅢA型 7例 ,,ⅢB 2例 ,Ⅳ型 6例。股骨粗隆下骨折 (骨折线距小转子 2cm) 2例。依Fielding分类均为Ⅱ型。病理性骨折 2例中 1例为乳腺癌转移 ,另 1例未找到原发灶。1.2 手术器械选择 采用常州市康辉医疗器械有限公司生产的Gamma钉及操作器械。Gamma钉远端直径 10mm、11mm、12mm...  (本文共2页) 阅读全文>>

《华中科技大学学报(医学英德文版)》2004年03期
华中科技大学学报(医学英德文版)

Inhibitory Mechanism of Inteferon-gamma on Human Fibroblasts from Tenon's Capsule

Thedevelopmentofadvancedmicrosurgeryinophthalmology ,thesuccessof glaucomafilteringsurgeryismadeincreasingly .Undergeneralcondi tions,thereisexistsabout 10 %— 2 0 %failureofglaucomafilteringsurgery .Themaincausesforfil trationsurgeryfailurewerethefibrosisofscarduringwoundhealingandthepathologicalprocessincludestheproliferationoflocalfibroblastsandthecollagensynthesis.Recentstudiesindicatedthatsuchcy tokinesastransfor...  (本文共3页) 阅读全文>>

《遵义医学院学报》2004年03期
遵义医学院学报

Gamma钉治疗老年人股骨粗隆间骨折

股骨粗隆间骨折是老年人常见的骨折之一 ,随着社会科学发展 ,人均寿命的延长 ,老年人股骨粗隆间骨折的发生率呈逐年上升趋势 ,传统的保守治疗易出现髋内翻 ,下肢外旋和短缩畸形常伴有较高的死亡率[2 ] ,故目前在治疗上多主张积极手术。我院骨科在 2 0 0 0年 1月至 2 0 0 3年 12月收治了 34例老年人股骨粗隆间骨折施行Gamma钉手术治疗 ,围手术期无 1例出现死亡 ,术后关节功能恢复满意 ,取得了较好的疗效 ,报道如下。1 临床资料本组共 34例 ,其中男 14例 ,女 2 0例 ,年龄 6 0~81a ,平均 6 8a ,骨折按Evans分型 :Ⅰ型 3例 ,Ⅱ型 8例 ,Ⅲ型 14例 ,Ⅳ型 6例 ,Ⅴ型 3例。合并有各种内科疾病 19例 ,占 5 5 %。其中合并有糖尿病 4例 ;心血管疾病 10例 ;呼吸系统疾病 3例 ;脑部疾病 2例。2 治疗2 .1 手术指征 入院后详细询问病人伤前精神状况 ,了解伤者...  (本文共2页) 阅读全文>>

《生物医学工程与临床》2004年03期
生物医学工程与临床

Gamma钉治疗股骨粗隆间骨折

股骨粗隆间骨折是中老年患者最常见的骨折,近30年来治疗股骨粗隆间骨折越来越倾向手术治疗,手术方法较多,而手术的关健是坚强的内固定,以使患者早期活动,减少并发症。本文探讨Gamma钉手术治疗股骨粗隆间骨折的疗效。1资料与方法1.1临床资料本院自1998年1月至2003年2月,手术治疗股骨粗隆间骨折139例,130°钢板固定组36例,加压滑动鹅头钉固定组58例,Gamma钉固定组45例。Gamma钉固定组中男31例,女14例;左22例,右23例;年龄49~92岁,平均72.5岁。受伤原因:自行摔倒18例,车祸8例,高处坠落7例,骑自行车或三轮车摔伤6例,其它伤6例。骨折按Evans分型,Ⅰ型5例,Ⅱ型8例,ⅢA型12例,ⅢB型12例,Ⅳ型8例。术前伴有内科系统疾患10例,其中糖尿病4例,原发性高血压5例,慢性支气管炎、肺气肿2例。1.2治疗方法EvansⅠ型患者入院后行下肢皮牵引,EvansⅡ-Ⅳ患者入院后立即行胫骨结节牵引,牵引时...  (本文共3页) 阅读全文>>