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生物工程通用计算机软件包(BTSP)的构建

随着生物技术的日益发展和深入,其中的重组DNA技术、DNA顺序测定方法、外源基因导入技术等不断完善,多肤氨基酸成份分析和顺序分析技术的迅速发展,‘人们巳搞清楚并积累了许多关于基因的DNA顺序、结构与功能以及蛋白质的结构与功能的数据等〔‘,‘5,’6。,这些浩瀚的信息,大大促进了生物技术的研究与发展〔”’“,’80.对这些日益庞大的数据,如何进一步借助于电子计算机加以收集、存贮、管理、分析及应用,国内外很多学者巳做了大量的工作〔’~‘4,’“,’7,’8〕,我们在引进国外一些基因序列数据库及零星分析软件的基础上,构建了一个综合性的、在IBM XT/AT个人计算机上实现的生物工程软件包Bioteehnology Software Paekage,(简称aBTSP,,).它适用于基因及其产物的核酸序列及蛋白质序列的数据检索,以及各种基因和蛋白质结构与功能的比较分析.考虑到IBM XT/AT及众多的兼容微机,性能与价格适度,所以本软件包...  (本文共3页) 阅读全文>>

《生物化学杂志》1987年05期
生物化学杂志

一种快速计算RNA分子二级结构的方法

计算机在生命科学中的应用已百益深人广泛。在核酸研究方面,提出了各种预测单链RNA分子二级结构的算法〔‘一‘’。虽然尚未有一种理想的算法能完全正确地预测出一个RN人分子链的二级结构,井且费机时费内存,但是已经开辟了一条道路。本文介绍的算法具有方法简单,内存开销小和运算时间短的优点,在微机上就可以实现对较大的RNA分子二级结构的预测。根据现有的研究文献作以下几个约定: 1.由于各种碱基配对稳定性的不同,引人权重因子。简单设C一G,A一U,G一U碱基配对的独立堆积能分别为一3.0,一2.0和0.OKcal〔‘’。非规则配对不予考虑。 2.对核酸碱基链出现的其假结情况也不作考虑。 3.碱基配对区必须不少于三对。 4.一个发夹环至少有三个非配对碱基。 按以上条件,每次只寻找一个自由能最小的碱基配对区,最后得到全部的碱基配对区。这就是本文算法的中心思想。 对链长的N为RNA分子,从5‘端到3‘端分别编上序号1到N.然后让计算机根据约定条件在...  (本文共2页) 阅读全文>>

《生物化学杂志》1988年02期
生物化学杂志

肽键的统计分析和蛋白质的二级结构

前 一上一 .‘‘ ,目.口 口 从氨基酸序列预测蛋白质二级结构的工作已经有20年的历史,其中最成功而简便的是Chou一Fasman方法[’礴,‘,。Chou一Fasman由一级序列的统计分析求出每一氨基酸的构象参数,进而预测二级结构,正确率达50%以上。增加一些更ha细致的规定,可使正确率更高。〔‘,51从理论观点看,在一定的物理化学与生理条件下,一级结构是决定二级及其它高级结构的。但是,这里决定二级结构的关键因素是多肤(特别是二肤)的性质,而不能简单地归结为20种氨基酸出现的频率。尽管在一些工作[’.6,71例如计算机化的C一F方法中,已考虑了二肤和三肤的频率,拜作为预测的补充手段,但我们认为,在氨基酸序列中,近邻残基的作用对于二级结构的形成具有决定性的意义,因此这些工作对二肤和三肤的考虑显然是不完全的。本文将建议一个由肤键预测蛋白质二级结构的方法。这里所说的肤键是指多肤链上两个相邻残基之间的用一组立面角(势;,叻;、,)标...  (本文共11页) 阅读全文>>

《生物化学与生物物理进展》1988年03期
生物化学与生物物理进展

IDEAS的引进和开发应用

衷1 IDEAS所方合的擞据库1 GENBANK2 EMBL3 NBRFNUC4 NBRF,PDBDIR6 PD1351’R,KABAT一G,。Bank(R)Genetiec Sequenee data BankRelease 44.0,30 AUG 1986Los Alamos National Laboratory8823 entries,月,442,357 bases一EMBL Nueleotide Sequenee Data LibraryRelease 8.0 April 2986European Moleeular Biology Laboratory639,entries,6353040 bases一Nu‘leie Aeid Sequenee Database oft士ieRelease 28.0,July 1986P rotein Identifieation Resource at theNational Bi...  (本文共4页) 阅读全文>>

《生物化学与生物物理进展》1988年03期
生物化学与生物物理进展

单链核酸分子二级结构图的计算机绘制

为了使RNA分子二级结构图美观并节省绘制时间,作为单链RNA分子二级结构预测程序L”的后续程序,我们在微电脑victor 9000一型上编制了一个单链核酸分子二级结构图的计算机绘制程序,使二级结构图不仅能在计算机屏幕上显示,且能在打印机上打印出来,以便学术交流之用。victor 9000一型微机显示器的精度较高,横向为800个点,纵向为400个点,该机配有一个图形软件GRA卜}x,使其图形功能大大增强。 我们的RNA二级结构显示程序(RNA·BAs)是用B人sIC语言写的,它借用了GRA曰x程序的一些图形功能。RNA、BAS的思路并不复杂,现简述如下。 我们在磁盘上建立两个数据文件RNA、丁xT和ABe、TxT,它们是RN^、BAs的数据输人文件;RN人、TxT;内贮存的是KNA分子链的核营酸顺序,ABC、丁xT内装的是一个表格。该表格输人到RNA,BAs中的一个两维数组B%(。,3),其中。是RN人分子二级结构中所含配对区的个...  (本文共2页) 阅读全文>>

《国外医学(免疫学分册)》1988年03期
国外医学(免疫学分册)

白细胞介素-2的生物化学和临床药理学研究进展

白细胞介素一2(IL一2)的分子生物学 人类IL一2为133个氨基酸糖蛋白,分子量为15 420,其基因位于第4对常染色体长臂的q26一2日处,重组IL一2(rIL一2)的二级结构为a一螺旋,沉降系数1.865,等电点(Pl)7.7。2一4x 106协/rng时有诱导鼠HTZ细胞系的DNA合成。原级转译产生的小鼠IL一2有169个氨基酸(包括一个信号肤),其特征为12个连贯的谷氨酸残基靠近氨基端。编码鼠IL一2的核昔酸位为有3个内含子的7 Kilobase基因组DNA片段。小鼠和人的外含子无同源性,但在调节区间有明显同源性。潜在N一糖基化部位和许多潜在0一糖基化部位,其主要糖是半乳糖,氨基葡糖和某些唾液酸残基,成熟时加入脂肪酸部分。成熟受体分子量为55 000,其原级转译产物分子量为33 000、35 000和37 000,均能结合IL一z。也已发现无功能的IL一2受体,这种受体无正常受体基因中的216硷基对序列。。 刺激T细胞...  (本文共3页) 阅读全文>>