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耐辐射球菌中串联重复序列以及非编码RNA的生物信息学分析

耐辐射球菌(Deinococcus radiodurans,DR)属于Deinococcaceae家族。该菌对电离辐射、紫外线以及强氧化剂等方面具有惊人的抗性。耐辐射球菌是如何利用自身的适应性来避免细胞受到DNA链断裂造成的有害损伤,又是采用什么样的机制来减少辐射造成的DNA降解和DNA片段丢失,现在仍知之甚少。因而对DNA损伤与修复过程的分子机理一直是研究的重点。到目前为止虽然对DNA损伤修复机制方面的研究很多,包括各种修复途径,如碱基切除修复(BER),直接损伤修复(DR),核苷酸切除修复(NER),碱基错配修复(MMR),重组修复(RR),SOS修复等,但是仍然没有一种有效的机制来解释该菌奇特而有效的辐射抗性机理。本论文通过对耐辐射球菌中串联重复序列和非编码RNA的生物信息学研究,试图从新的角度来理解耐辐射球菌的DNA损伤修复机理。串联重复序列(Tandem repeats)(其中SSRs为一类重复基序为1-6bp的串联重  (本文共64页) 本文目录 | 阅读全文>>

《山东蔬菜》2007年02期
山东蔬菜

一种快速高质量植物总RNA提取方法介绍

植物总RNA的提取方法很多,但是多数步骤烦琐,耗时较长,而且最后RNA的提取质量不高。采用Trizol法虽然所提RNA的质量较高,但是价格昂贵。本实验室在长期实践中摸索出一套快速高质量的植物总RNA的提取方法,现介绍如下:一、实验所用枪头、离心管都事先用DEPC处理,所用溶液都用DEPC水配置。二、研磨植物材料的研钵可180℃高温灭菌后使用,或者事前用酒精燃烧后冷却备用。三、取实验材料,加入液氮后充分研磨成粉末,转人l.sml离心管,转人量大约至离心管的05ml的刻度线(注意:转入量不要太多,否则提取的RNA量和质量都不高);四、加人600林I苯酚/氯仿/异戊醇(25:24: l),剧烈震荡,使之充分混匀;五、加人600闪RNA提取缓冲液俘0 mmollL Tris eeHCI,10 mmollL EDTA,1 000 m...  (本文共1页) 阅读全文>>

《生物学教学》2018年12期
生物学教学

环状RNA及其生物学功能概述

在真核生物细胞中,编码蛋白质的RNA (mR NA)或非编码区成分。根据组成不同可以将circRNA分为只占基因组的2%左右,其余的为非编码RNA (non-内含子环状RNA (intronic circRNA)、外显子环状RNAcoding RNAs,ncRNA)。研究表明,ncRNA也参与调控(exon circRNA)、外显子—内含子环状RNA (exon-机体生理过程中各种基因的表达,具有重要的生物学intron circRNA)和基因间区环状RNA (intergenic功能[1]。目前对包括微小RNA (microRNA,miRNA)和circRNA) 4个类别[5]。长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)在内2 circRNA的形成机制的ncRNA的研究大部分集中于生理过程和常见疾病随着研究的深入,circRNA形成的机制逐步被揭的分子机制。近年来,随着RNA测序(RNA示,产生...  (本文共3页) 阅读全文>>

《国际检验医学杂志》2019年02期
国际检验医学杂志

环状RNA研究进展

人类基因组中绝大多数的序列不编码蛋白质,非编码RNA(ncRNA)占全部从真核基因组转录的RNA的95%[1]。大部分ncRNA为转录超保守区域,包括微小RNA(miRNA)、小核仁RNA(snoRNA)、PIWI相互作用RNA(piRNA)、长链非编码RNA(ln-cRNA)和环状RNA(circRNA),在基因调控和许多人类疾病的发展中起着越来越重要的作用[2]。作为ncRNA中的主要一员,circRNA在过去几年里引起了广泛的关注。1 circRNA简介circRNA是封闭的环状分子,不具有5′至3′极性的共价闭环结构或3′poly A末端[3]。1976年,电子显微镜技术首次发现了circRNA。根据结构特点、未知功能和低丰度[4],circRNA最初被认为是保守的分子产生的错误的拼接副产品,并没有得到太多的关注。然而,随着生物技术的进步,特别是生物信息学和高通量测序技术的发展已经鉴定了大量的cir-cRNA。事实上,c...  (本文共6页) 阅读全文>>

《现代生物医学进展》2019年01期
现代生物医学进展

特定环状RNA表达与衰老的关系研究

前言环状RNA是目前研究的热点,它是一种共价闭环结构的新型长链非编码型RNA,没有5'和3'的极性结构[1],在自然界人类,动物甚至是植物中的真核细胞中均有很高的表达。研究表明环状RNA在哺乳动物细胞中广泛存在,其具有内源性以及很高的稳定性,没有极性结构给予其对RNase的抗性[2]。在20世纪后期,环状RNA被认为是异常剪切或者偶然产生的RNA产物。随着RNA高通量测序技术的进步以及生物技术科学的发展,人们开始重视并增加环状RNA的研究。最近的研究表明,环状RNA可作为竞争性内源性RNA与mi RNA海绵吸附作用,在转录后水平上对基因表达进行调控,调节转录与剪Note:F, forward; R, reverse.NamePrimer sequences(5'-3')LinearcirUSP3F:CCATTCACATACTGTGCAGGTCCR:TCCCATTCCTTAACTCCACAGC249cirTCF20F:GCTTTG...  (本文共7页) 阅读全文>>

《中国处方药》2019年02期
中国处方药

RNA药物的研发现状

的菌丝下有初始的酵母层形成。另外,经激光共焦显微镜,可对少量的细胞基质行细致观察。完成接种后48 h,经进一步检测显示,由念珠菌负责分泌的细胞外基质仍呈不断增加状态,随时间推移,可包裹整个菌体,最终促使成熟的白色念珠菌生物膜形成,即由假菌丝、菌丝体、真菌孢子组成极为致密的网状系统,其外有细胞外基质包裹,属一个三维有机结构。白色念球菌有较复杂的致病和耐药制机制,虽病因研究取得了显著进步,但感染率仍呈上升趋势。现阶段多采用全身与局部应用抗真菌的方案治疗,但有不良反应大、疗程长特点,且存在抗真菌药物滥用的情况,促使白色念珠菌耐药性显著提高,新型药物研发着力解决耐药性的问题,是临床研究的关键。核酸类药物作为小分子药物及抗体药物之后的新一代药物而备受关注。RNA类药物直接作用于引起疾病的分子并通过其调节身体功能。通过局部给药或皮下注射直接作用于目标分子,缓解疾病的症状,而无需操纵基因组。而且相对比抗体药物,RNA药物具有高表达、免疫原性低...  (本文共3页) 阅读全文>>