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蛋白质的分子动力学基础

分子动力学(MD)是模拟相互作用粒子运动的研究领域,其应用范围从模拟简单水分子相变到模拟蛋白质与蛋白质  (本文共2页) 阅读全文>>

兰州大学
兰州大学

基于分子模拟方法的激酶与其抑制剂的相互作用机理研究

与人类重大疾病相关的药物靶标的发现及其药物的研发是靶向治疗研究中的重要环节。蛋白激酶在新药研发,尤其是抗肿瘤药物的研发中,是一类重要的靶点,因为它们在一些生理机制的调控中负担重要的角色,包括对细胞的增殖、分化和代谢过程的调控。通过专一的抑制剂阻止细胞的激活和增殖从而阻断信号通路,有益于治疗各种疾病,包括癌症。因此,以蛋白激酶为靶点开发高效的、选择性的抗肿瘤药物已经成为研究热点。随着计算机技术的应用和信息科学的迅猛发展,分子模拟方法作为药物研发的重要技术和工具,被应用于潜在靶点蛋白的功能、作用机制和相关作用的信号通路的研究中,发挥了其独特的优势,起到实验无法替代的作用,并可以与实验手段进行很好的互补,推动了这一研究领域的长足发展。定量构效关系、分子对接、药效团模型、分子动力学模拟、自由能计算和分子力学与量子力学相结合(QM/MM)等多种分子模拟和药物设计方法,均被成功应用于计算机辅助激酶抑制剂的设计以及激酶作用机制的研究中。本论文...  (本文共159页) 本文目录 | 阅读全文>>

天津师范大学
天津师范大学

肌巨蛋白PEVK富含域的结构与功能研究

肌巨蛋白(titin,也被称为connectin),20世纪70年代末由Marugama和Wang分别发现并报道。它横跨肌节,对肌肉组织的超级结构组装以及肌肉的收缩和弹性起着重要的作用。在肌巨蛋白中,Ⅰ带是表现肌肉收缩最强的区域,而PEVK富含域正位于Ⅰ带中。因此,研究PEVK富含域的结构及结构与功能的关系,对揭示肌巨蛋白弹性的分子基础具有十分重要的意义。论文以肌巨蛋白PEVK富含域的氨基酸序列分析结果为出发点,用Fmoc固相合成方法合成了模型四肽分子EVPK,利用电喷雾质谱法和二维核磁共振谱进行了序列和结构确认,其中Pro残基以反式(trans)构型为主;对模型四肽分子EVPK进行了分子构象分析,所得低能构象以折叠式为优势构象,在肌小节松弛状态下,分子以折叠式构象存在,在拉力作用下,其折叠式构象被拉伸,肽链解折叠,产生被动张力,使分子表现为弹性。对模型分子进行量子化学计算,计算结果与构象搜索结果基本一致。利用分子模拟手段对片段...  (本文共107页) 本文目录 | 阅读全文>>

山东大学
山东大学

蛋白质动态组学方法研究纤维素酶催化的分子动态行为

纤维素是地球上储量最丰富的可再生资源,通过纤维素酶的催化降解,纤维素能够水解成为可溶性糖,经过生物炼制可以转化为生物燃料和多种化工制品,这为解决当前世界所面临的环境污染和能源短缺提供了一个有效途径。显然,纤维素酶催化性能的提升是加快纤维素生物转化过程的关键步骤,认识纤维素酶催化过程的分子动态机理变成了一项十分必要的工作。虽然纤维素酶的实验设计工作已经有很多成功的先例,但受限于传统实验方法的表征能力,目前对纤维素酶结构,分子动态和功能关系的理解尚不深入。因此,本文主要利用分子动力学模拟方法,结合其它生物信息学分析手段探究了决定不同糖苷水解酶家族中纤维素酶催化性能的分子动态行为,这为认识纤维素酶催化过程的分子动态提供了全新的内容,同时为蛋白质工程设计提供了策略上的指导。本论文开展的相关研究工作及主要成果如下:1.通过对GH12家族中具有相似折叠结构却有完全不同热稳定性的多个纤维素酶分子动态分析,阐明了酶活性中心的分子动态稳定性和三维...  (本文共174页) 本文目录 | 阅读全文>>

《东南大学学报(自然科学版)》2021年01期
东南大学学报(自然科学版)

基于分子动力学的镁橄榄石表面分子吸附与溶解研究

采用分子动力学模拟方法研究了镁橄榄石(Mg_2SiO_4)表面的吸附特性和溶解过程.计算了H_2O、CO_2在Mg_2SiO_4(010)表面的吸附能、径向分布函数、解吸附能量壁垒,探讨了Mg_2SiO_4(010)表面上Mg~(2+)、Si~(4+)在纯水和离子浓度为1 mol/L的NaCl、KCl、CaCl_2、H_3OCl、Na_2CO_3溶液中的溶解活化能...  (本文共8页) 阅读全文>>

《Chinese Journal of Chemical Physics》2021年01期
Chinese Journal of Chemical Physics

超快电子衍射研究分子动力学(英文)

随着超快激光、超快X射线和超快电子束技术在近年的快速发展,通过泵浦探测的方法在超快的尺度观察原子运动正逐步成为可能.本综述将讨论如何利用超快电子衍射技术探测激光激发的分子动力学过程...  (本文共15页) 阅读全文>>

《单片机与嵌入式系统应用》2021年09期
单片机与嵌入式系统应用

FPGA的分子动力学短程非键成力加速器设计与实现

FPGA传统RTL级别开发有着较高的编程难度和较长的设计时间,这限制了FPGA在分子动力学模拟中的应用。本文使用FPGA新一代编程方案HLS,基于Alevo U50板卡设计并实...  (本文共5页) 阅读全文>>