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中国荷斯坦牛乳成分性状候选基因的鉴定及其遗传效应分析

挖掘与鉴定影响奶牛乳成分性状的关键基因或致因突变是实施奶牛低脂高蛋白新品系分子培育的前提与基础。本研究旨在利用基因组学、转录组学、生物信息学、统计遗传学等技术,鉴定影响奶牛乳成分性状(乳脂肪酸和乳蛋白)的候选基因及SNPs,进而对其进行大群体遗传效应分析,以确定真正的致因基因或是遗传效应较大的基因。利用全基因组关联分析(GWAS)鉴定牛乳脂肪酸含量候选基因。以北京地区18个牛场的21头公牛家系的784头中国荷斯坦母牛为研究群体,以Illumina BovineSNP50芯片为基因型,气相色谱法获得22个脂肪酸性状的含量为表型,采用PLINK软件进行GWAS。分析共发现84个全基因组显著水平SNPs和314个潜在显著SNPs同18个脂肪酸性状关联,主要位于BTA5、10、14、17和26上;一些显著SNPs位于或距离很近同已知影响乳成分性状的DGAT1、FASN、 SCD等18个功能基因;结合乳成分QTL区域及基因功能注释,提出了  (本文共217页) 本文目录 | 阅读全文>>

《农业技术与装备》2019年11期
农业技术与装备

绵羊多羔性状候选基因的研究及发展

绵羊是一种重要的经济动物,与之相关的产业是我国畜牧业的重要组成部分。如何提高绵羊的产仔量已成为促进相关产业发展的一个重要研究方向。结合最新的...  (本文共2页) 阅读全文>>

华中农业大学
华中农业大学

水稻序列变异数据库及关联分析候选基因筛选平台开发

测序技术的发展与测序价格的降低使得我们可以更加便利的获取群体基因组上的变异位点。基因组重测序数据累积带来便利的同时也为普通研究者使用提出更多挑战。序列变异数据库应运而生,这些数据库的产生使得群体变异数据可以更加方便的获取与使用。在获得序列变异数据与表型数据之后,再利用全基因组关联分析(GWAS)定位调控位点。然而,在关联分析之后如何将结果上升到基因层面依然存在不少问题,不能找到功能基因意味着我们很难对性状的调控机理有一个清楚的认识。水稻作为重要的粮食作物以及禾本科模式植物,拥有比较好的研究条件与应用价值。目前已经有非常多的水稻GWAS研究被报道,但这些研究显著位点的验证大都是根据已克隆基因展开,鲜有利用关联到的位点直接克隆基因的。其原因主要在于,水稻连锁不平衡区间较大,增加了候选基因筛选的难度,制约了下游研究的开展。因此,开发候选基因筛选平台,综合各种组学信息来甄别候选基因对于水稻的功能基因组研究是十分必要的。油菜作为重要的油料...  (本文共147页) 本文目录 | 阅读全文>>

中国科学院大学(中国科学院武汉植物园)
中国科学院大学(中国科学院武汉植物园)

莲种子大小与数量的比较转录组学研究

莲(Nelumbo nucifera Gaertn.)是一种集食用、观赏和药用价值于一身的重要水生经济作物。莲子是莲的果实,同时也是非常受欢迎的水果。莲子产量是莲的一个重要的经济性状,受莲子重量和数量的影响。解析莲子发育,揭示调控莲子产量的分子机制,能够为后续选育高产量子莲的品种奠定良好的理论支撑。莲基因组数据公布以来,围绕莲花色、花期、地下茎等经济性状开展了大量科学研究,相关的研究基础为开展莲子产量的研究提供了良好的理论基础。根据实验目的,选择在莲种子(俗称莲子)大小和数量存在显著差异的野生品种“中国古代莲”(China Antique,CA)和子莲品种“建选17号”(Jianxuan-17,JX)为实验材料。由于莲子大小和物质积累是其重量的重要决定因素,同时心皮数决定莲子的数量,因此在莲子快速增长、物质积累和心皮分化阶段进行比较转录组学研究,以上研究有助于从转录水平上探索影响莲子产量的分子机理和调控网络。取得的主要研究结果如...  (本文共112页) 本文目录 | 阅读全文>>

中国农业科学院
中国农业科学院

水稻苗期耐盐性状的关联分析研究

盐胁迫是影响作物生长及产量的主要胁迫因素之一。随着全球气候变暖,环境恶化,每年有大量土地盐碱化,严重限制了粮食产量。水稻是世界主要粮食作物,苗期对盐胁迫非常敏感,因此培育耐盐品种是水稻主要育种方向之一。水稻耐盐性是由大量QTL/基因控制的复杂数量性状,遗传机制复杂,利用遗传基础丰富的种质资源及全基因组关联分析技术,有助于高效挖掘其耐盐性的遗传学基础。本研究在3000份水稻种质资源测序项目基础上,选取来自不同国家的426份种质资源(62%籼稻资源,28%粳稻资源,1%Aus稻,1%香稻以及8%Admixture)为研究材料,结合2,820,594个SNP(single nucleotide polymorphism)标记(籼稻2,094,607个,粳稻1,449,167个)用于QTL/基因定位。研究调查分析了426份水稻种质资源在盐胁迫及对照条件下11个耐盐相关形态、生理性状特征及盐胁迫下的适应性反应差异。11个性状包括盐处理下水...  (本文共95页) 本文目录 | 阅读全文>>

中国农业大学
中国农业大学

奶牛产奶性状多组学研究及候选基因RRL8的功能验证

产奶性状是奶牛最为重要的经济性状,挖掘和筛选影响产奶性状的候选功能基因一直是奶牛遗传育种领域的研究热点。高通量组学技术快速发展,为奶牛产奶性状候选功能基因的筛选与鉴定提供了新途径。本研究基于多层次组学信息,从基因组、转录组和蛋白组水平挖掘产奶性状重要功能基因和调控元件,并对重要候选基因RPL8进行体外功能验证。研究共包括四部分试验:试验一:以9,615头中国荷斯坦牛为资源群体,利用测定日表型作为全基因组关联分析的反应变量,对1-3胎次产奶量、乳脂率和乳蛋白率三个性状进行纵向GWAS分析。结果发现84个SNP达到基因组显著水平,其中65个SNP位于已报道产奶性状相关QTL区间,最显著的位点位于DGAT1和GHR基因内部。对结果深入分析,发现1个新的值得进一步探究的显著影响乳脂率的QTL。该研究不仅充分证明了已报道的研究发现,也为产奶性状功能研究提供新资源。试验二:为了进一步从转录组水平挖掘和验证产奶性状的候选基因及调控元件,利用R...  (本文共154页) 本文目录 | 阅读全文>>