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全基因组关联分析方法的拓展以及实用分析工具软件的建立

通过测序以及微芯片技术得到的全基因组基因型数据与表型数据间的关联分析,是探测人类疾病、农作物性状未知基因或通过已知群体基因型预测表型数据的方法。根据模型目的可以分为全基因组关联分析方法(GWAS)和全基因组预测方法(GP)两类分析方法。本研究通过对混合线性模型中随机效应分子亲缘关系矩阵的两种变形手段,发展两种全基因组预测方法:1)CBLUP通过参考群体和预测群体个体聚类压缩成组,利用组间分子亲缘关系矩阵代替个体间分子亲缘关系矩阵。通过模型似然值函数探测最佳压缩比例,进行BLUP预测;2)SBLUP通过SUPER方法对参考群体的基因型和表型进行GWAS分析,划分遗传关联区域(bin),通过模型似然值确定bin的大小和最佳的bin数量,利用筛选出来的bin创建针对性状的独特分子亲缘关系矩阵,最后在混合线性模型中进行预测。通过在模拟数据和真实数据中与GBLUP和贝叶斯LASSO方法进行对比发现,SBLUP对于简单性状(控制性状的基因数  (本文共82页) 本文目录 | 阅读全文>>

吉林大学
吉林大学

基因组异常与急性髓系白血病的相关性研究及候选基因的探寻

急性髓系白血病(Acute myeloid leukemia,AML)是一种常见的造血系统恶性肿瘤,约占急性白血病的70%。过去三十几年的研究发现表明,AML的发生是由不同的驱动突变共同驱动的克隆演化过程,遗传学和表观遗传学异常在其发病的不同阶段、疾病预后和临床特点等方面起着至关重要的作用。基于这些机理的认识,标准治疗方案有所改进,但治疗策略却未发生显著变化,AML仍然是一种预后变化大且死亡率高的疾病。因此,研究AML基因组异常、全面认识其发病机理、探索新的相关候选基因仍然是AML研究的一个重要问题。本研究以81例AML为研究对象,以高分辨率的单核苷酸多态性微阵列(Single nucleotide polymorphisms array,SNP-array)芯片技术为手段,结合染色体核型分析和荧光原位杂交技术(Fluorescence in situ hybridization,FISH),介由UCSC基因组数据库(Http:...  (本文共128页) 本文目录 | 阅读全文>>

《中国生物制品学杂志》2021年01期
中国生物制品学杂志

细菌的泛基因组分析

细菌基因组学在不同领域的广泛应用得益于新一代测序(next generation sequencing,NGS)技术所实现的基因组及转录组测序的发展。大量的细菌基因组数据为不同方面深入了解物种内部...  (本文共6页) 阅读全文>>

《大众考古》2020年06期
大众考古

中国北方古代人基因组分析显示生业与迁徙的联系

吉林大学崔银秋团队联合国内外多家机构,通过研究距今7500—1700年的55个中国北方古代人全基因组数据,为探索中国文明起源、形成和发展找到了基因方面的重要证据。该成果近日以"Ancient genomes from ...  (本文共1页) 阅读全文>>

《中国科技产业》2010年04期
中国科技产业

韩国完成迄今最大规模人类基因组分析

据韩国媒体报道,首尔大学医学院基因组医学研究所最近宣布,...  (本文共1页) 阅读全文>>

《分子诊断与治疗杂志》2010年04期
分子诊断与治疗杂志

基因组分析具有临床应用价值

日前,斯坦福大学和哈佛大学的研究人员通过对患者的全基...  (本文共1页) 阅读全文>>