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带科主要绦虫45W和14ku/18ku基因变异的研究

本研究论文,利用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR),从带绦虫六钩蚴或囊尾蚴RNA扩增45W和14ku/18ku基因,利用DNAstar软件对序列进行比较与分析,对这些基因变异规律进行了研究与分析,为带绦虫蚴病疫苗和免疫诊断制剂的研制与开发提供了重要依据,为寄生虫分子遗传与变异研究提供了模型。结果表明,共获得猪带绦虫45W转录本18个,其中A型转录本8个、相应的B型转录本3个、其它B型转录本6个,以及C型转录本1个。其中45W-4B基因与国外报道的基因在序列上差异极小,但首次发现猪带绦虫45W-4基因外显子Ⅳ中出现了单核苷酸多态性(SNP)。除4B外,其它基因外显子Ⅰ的变异只发生在第58位和70位上。核苷酸变异多为单碱基突变。对于A型转录本,241-271、364-394、448-473、602-613位为高变区,500、504、507、618、630和631位的碱基也多有变异。对于B型转录本而言,45W-4B型转录本与其它B型  (本文共111页) 本文目录 | 阅读全文>>

《科技展望》2015年16期
科技展望

反义转录本的研究现状及意义探讨

反义转录本存在着正义/反义转录本对(sense/antisense pairs,S/AS),随着基因组计划开展,DNA测序资源的逐渐完善,全...  (本文共1页) 阅读全文>>

西北大学
西北大学

生物功能簇及其在药物靶点和敏感性标记物筛选的应用研究

癌细胞或者正常组织中的细胞功能大多以高度模块化的方式进行,其潜在的普遍规律可以通过网络生物学的方法得到阐明。相互作用或调控网络的模块化研究将有助于进一步探索潜在的致病分子网络机制。网络生物学在系统水平上提供了一个了解每种疾病发生发展的分子机制以及其与化合物之间相互作用关系的方法。同时,网络生物学可用于预测转录本(Isoforms)或基因功能;与疾病相关基因以及药物药理与疾病表型之间的关系。从而用于发现人类疾病的潜在原因并提供有效的治疗途径。第一部分中,四种模块检测算法系统地研究了基于细胞的蛋白质相互用(PPI)网络的聚类。随后使用模块对最短路径和扩散相关性两种靶点基因预测算法经行优化,从而比较模块检测算法鉴定功能集群的能力。此外,通过模块中扰动基因的比例预测候选抗乳腺癌药物并用ClinicalTrials.gov中的病例和文献证据进行验证。结果表明,四种模块检测算法中,Walktrap(CW)聚类算法在比较研究中达到了最佳性能。...  (本文共138页) 本文目录 | 阅读全文>>

华东师范大学
华东师范大学

QuaPra软件的开发及其在大鼠转录组重构中的应用

RNA测序(RNA-seq)极大地促进了对不同生物体的转录组全景图的探索。然而,由于当前的分析软件和测序技术的各种限制,转录组重建仍然具有挑战性。本论文构建了一个有效的工具QuaPra(Quadratic Programming combined with Apriori,结合Apriori算法的二次规划),用于转录组的精确组装和定量。与其他目前流行的软件相比,QuaPra的灵敏度和精密度比其他当前流行的工具至少高2.7%,并且可以检测到至少26.5%更多的低丰度(0.1~1 FPKM)的转录本。此外在真实测序数据中,QuaPra比其他同类型软件正确组装的已知转录本至少多1/4。大鼠是生物医学研究中重要的模式生物,但其尚有很多基因仍未被注释。本论文使用从SEQC项目团队生成的320个样品中11种不同器官的RNA-Seq数据,使用Stringtie和QuaPra这两个转录本拼接软件重构了大鼠转录组(Rat Transcriptom...  (本文共108页) 本文目录 | 阅读全文>>

陕西师范大学
陕西师范大学

三种直翅目昆虫全长转录组和线粒体转录组分析

蝗虫是一类世界性分布的农、牧、草业害虫,但同时也是一种营养丰富的资源型昆虫。基于Pacbio RS Ⅱ测序平台,本课题组成功测定并系统地分析了中华稻蝗(Oxyachinensis、中华剑角蝗(Acrida cinerea)和短额负蝗(Atractomorpha sinensis)的全长转录组,同时通过线粒体全长转录组分析,初步探讨了线粒体基因的转录加工机制。本研究获得的主要结论如下:1)基于Pacbio RSⅡ测序平台,中华稻蝗、中华剑角蝗和短额负蝗分别获得13.06 Gb、12.57 Gb 和 12.61 Gb 的 clean data,365,726 条、360,844 条和 387,390条 ROI(Reads of Insert)序列,以及 153,161 条、137,361 条和 137,361 条全长非嵌合序列。通过对全长非嵌合序列进行聚类和校正,最终分别获得42,589条、38,404条和46,365条非冗余转录本...  (本文共116页) 本文目录 | 阅读全文>>

华中科技大学
华中科技大学

LHX6基因不同转录本在宫颈癌中的表达及其作用机制研究

【目的】检测LHX6基因两组转录本LHX6-A和LHX6-B在59例宫颈癌组织和21例正常宫颈上皮中的表达情况,研究两组转录本表达水平的高低对宫颈癌细胞系生物学行为的影响,并对可能的作用机制进行初步探讨。【方法】1.根据LHX6转录本中是否含有12号外显子将LHX6各转录本分为LHX6-A组(不含12号外显子)和LHX6-B组(含有12号外显子)两组,LHX6所有转录本简称为LHX6-all;2.实时荧光定量PCR检测两组转录本LHX6-A和LHX6-B在宫颈癌组织和正常宫颈上皮组织中的表达水平;3.使用RNAi慢病毒干扰技术在宫颈癌细胞系Hela和Caski中分别下调LHX6-A、LHX6-B和LHX6-all,构建稳转细胞株;4.CCK8实验、EDU实验、细胞克隆形成实验、凋亡实验检测下调LHX6-A、LHX6-B和LHX6-all后对Hela和Caski细胞活力、增殖以及凋亡等生物学行为的影响;5.转录组测序检测下调转录组...  (本文共49页) 本文目录 | 阅读全文>>