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木本植物基因组研究

木本植物在转向生殖生长之前需要一段较长时间的营养生长 ,这一特点不利于对其进行遗传分析 .然而 ,随着分析手段的不断提高和建立在木本植物生物学特性基础上的基因定位方法的开发利用 ,发达国家木本植物基因组连锁图  (本文共6页) 阅读全文>>

东北林业大学
东北林业大学

白桦全基因组测序及分析

白桦(Betula platyphylla)是桦木科(Betulaceae)桦木属(Betula)的落叶阔叶树种,主要生长在亚洲温带和寒温带地区,最典型的特征是纸张状剥离的灰白色树皮和长长的横纹样皮孔。白桦是我国北方重要的绿化和用材树种,同时还具有很高的药用价值,一直被科研人员所关注。然而,白桦目前还缺乏完整的基因组信息,这严重制约了相关研究的进展。因此,本研究将利用二代和三代测序技术,对白桦基因组进行调研,分别对其细胞器和细胞核基因组进行组装和注释,并分析其特征,最终得到较为完整的白桦全基因组信息,为白桦分子及育种研究奠定基础;同时基于东北林业大学高性能计算机集群,开发一套适合于高杂合林木基因组的拼接注释流程,为今后其他林木基因组的解析提供帮助。基因组调研显示,白桦基因组大小约为432.9 Mb,杂合率约为1.22%,重复序列含量约为47.9%,属于高杂合基因组。同时发现野外取材的白桦叶片含有细菌污染,可能会对测序结果产生影响...  (本文共126页) 本文目录 | 阅读全文>>

《遗传》2012年02期
遗传

木本植物全基因组测序研究进展

近年来,植物全基因组测序的结果正如雨后春笋般涌现,木本植物全基因组测序也在紧锣密鼓地展开。但由于木本植物通常基因组较大,基因组结构较为复杂,在测序、测序后的组装、注释、功能分析等均存在较大的困难。在基因组测序分析的经费预算方面也存在着较大的压力。因此,有必要对这方面的研究进展及其存在问题...  (本文共12页) 阅读全文>>

权威出处: 《遗传》2012年02期
中国林业科学研究院
中国林业科学研究院

利用BIBAC文库建立胡杨转化基因组学平台及鉴定胡杨耐盐基因(簇)的研究

胡杨(Populus euphratica Oliv.)是杨柳科(Salicacae)杨属中最为古老的一个种,是典型的耐盐多年生木本植物。胡杨作为我国西北干旱盐碱荒漠地带能够成林的唯一高大乔木树种,具有耐盐碱、耐旱、抗热等特点,对生态脆弱地区生态环境的稳定性发挥着重要作用,因此胡杨被广泛认为是研究木本植物抗逆分子机制的理想模型系统。双元细菌人工染色体(binary bacterial artificial chromosomes,BIBAC)文库适用于大片段DNA通过农杆菌介导转化拟南芥等植物而建立。转化基因组学(transgenomics)研究平台为分离、鉴定基因(簇)提供了新的手段。本研究以耐盐性强的木本植物胡杨为研究材料,构建了胡杨BIBAC文库,以模式植物拟南芥为受体进行胡杨大片段DNA转化,从而初步建立了胡杨转化基因组学研究平台,进一步筛选胡杨特异的基因(簇)。取得了如下结果:1.构建了胡杨BIBAC文库,库容为55,...  (本文共111页) 本文目录 | 阅读全文>>

兰州大学
兰州大学

胡杨抗盐的基因组遗传基础研究

胡杨是生长在我国西北干旱盐碱的荒漠和戈壁地带形成森林的唯一高大乔木树种。经过长期的白然选择作用,胡杨对荒漠干旱环境有着极强的适应能力,其在高盐胁迫下仍然可以保持较快的生长速率和光合效率,己成为研究林木物种抗盐、抗旱和抗高温等多种抗逆性状的模式物种。我们应用第二代高通量测序技术完成了胡杨基因组序列精细图谱的绘制工作,并通过与其近缘非抗逆杨树物种比较,对胡杨适应沙漠极端环境的分子机制在基因组和转录组水平上进行了深入分析。结合Whole Genome shotgun和Fosmid to Fosmid两种测序和组装策略,我们最终得到了496.5Mb胡杨全基因组序列,其contig N50长度为40.4Kb, scaffoldN50长度为482Kb。对胡杨基因组质量评估发现:超过92.5%的基因组序列测序深度大于20×,组装的scaffolds覆盖了97.3%的杨树表达序列标签、97.7%的Fosmid全长序列、以及94.35%的核心真核...  (本文共94页) 本文目录 | 阅读全文>>

上海师范大学
上海师范大学

植物核DNA含量全球变异式样及其环境和系统发育因素分析

植物核DNA含量涉及到基因组大小和DNA C-值两个概念。植物基因组大小(genome size)是指一个物种配子核中单个染色体组中的DNA含量,DNA C-值是一个重要的生物学概念,并具有一定的生物学、生态学意义。有关核DNA含量测定结果的可靠性存在一定争议,目前不清楚不同方法的测定结果是否存在规律性的差异;特别是植物不同类群的核DNA含量在全球尺度上的变异式样并不清楚;先前多关注与纬度、海拔、年均温度和年降雨量间的关系,但是核DNA含量与这些环境变量间的关系争议不少,而且与极端气候条件等生物气候因子的关系也不清楚。已有关于环境氮素可能是植物基因组进化的驱动因素之一,但是证据仅来自局部环境的个别类群,是否具有普适性并不清楚。针对以上问题,首先用FACSCalibur流式细胞仪测定采自中国境内农田环境的167个稗属样本的DNA 2C值数据,应用线性模型和高斯模型分析了稗属(Echinochloa)及该属不同种类在纬度和经度梯度上...  (本文共107页) 本文目录 | 阅读全文>>