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全基因组序列拼接研究进展

全基因组序列拼接是生物信息学研究领域的核心问题。针对新一代测序数据读取片段reads长度短、数据海量、精确度低等特点带来的严峻挑战,  (本文共5页) 阅读全文>>

《病毒学报》2021年01期
病毒学报

江西省2010年柯萨奇病毒A组24型变异株的全基因组序列分析

急性出血性结膜炎(Acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC)是目前人类最常见的眼病之一,柯萨奇病毒A组24型变异株(Coxsackievirus A24 variant,CV-A24v)是近年来报道引起该病的主要病原体。本研究选取10株来自江西省2010年AHC暴发疫情的CV-A24v,采用特异性引物扩增并测定其全基因组序列。对该10条CV-A24v的全基因组序列进行系统发育分析以及重组分析,计算...  (本文共8页) 阅读全文>>

《中国媒介生物学及控制杂志》2020年06期
中国媒介生物学及控制杂志

高通量半自动化细菌全基因组序列测定体系的构建

目的建立高通量、半自动化细菌全基因组序列测定体系,满足基于基因组序列的细菌性病原体监测的需求。方法使用自动化液体处理器、可丢弃性机械手枪头、96孔板型核酸提取试剂盒、自动测序文库构建系统以及测序仪,实现细菌基因组序列测定的半自动化。结果机械手枪头...  (本文共3页) 阅读全文>>

《Virologica Sinica》2006年03期
Virologica Sinica

三株新城疫广西分离株全基因组序列的测定与分析

根据GenBank上所公布的新城疫病毒(NDV)的全基因组序列,设计了8对引物,运用RT-PCR方法获取了3株广西地方强毒株GX7/02、GX9/03和GX11/03的全基因组序列,并对其进行了比较分析。此3株病毒的全基因组序列均由15192个碱基组成,与GenBank公布的ZJ1、...  (本文共6页) 阅读全文>>

山东农业大学
山东农业大学

山东省某地方品种鸡ALV-K的分离鉴定及其全基因组序列分析

山东寿光鸡群中的ALV感染较为严重,对其进行了检测,毒株的分离鉴定、基因组特征分析以及多克隆抗体的制备等研究。从该鸡群采集样品,经ALV p27抗原ELISA检测,阳性率为54%。阳性血浆接种DF-1细胞,提细胞基因组cDNA,用ALV特异性引物经PCR扩增env基因,与国内外A、B、C、D、E、J亚群参考株同源性为57.1%~93.2%,其中,与内源性E亚群参考株为93.2%,由于DF-1细胞可以抗内源性病毒,所以可以排除E亚群;与K亚群参考株的核苷酸为94.1%~99.4%,进化树分析显示,10个分离株与K亚群参考株亲缘关系最近,因此,初步确定为ALV-K,分别命名为hz01~hz10。根据遗传关系,选取3个不在同一分支上的分离株,将感染该病毒的鸡解剖后,表观未看到症状,病理组织观察发现,肝脏、脾脏、卵巢、肺脏、肾脏均有不同程度的淋巴细胞浸润和出血,其中心脏最为严重,出现了部分细胞变性坏死;超微结构病理变化为,肝脏和脾脏中出...  (本文共77页) 本文目录 | 阅读全文>>

广西大学
广西大学

四株广西代表性IBV变异株的全基因组序列测定和生物信息学分析及致病性研究

鸡传染性支气管炎(infectious bronchitis,IB)是鸡的一种急性、高度传染性的呼吸道疾病,广西养禽业由该病造成的经济损失非常大。鸡传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV)基因组十分容易发生变异,不同国家或地区IBV流行株的基因组存在很大的差异。为了进一步阐明广西IBV分子致病变异机制和致病机理,有效控制该病,促进广西养禽业健康发展,非常有必要对广西IBV流行株进行全基因组测序分析和致病性研究。因此,本研究对四株广西代表性IBV变异株的全基因组序列进行测定,并对获取的全基因组序列进行生物信息学分析,最后对该四株IBV变异株进行SPF鸡和樱桃谷肉鸭的动物回归试验,对其进行致病性研究,旨在为本地区IB防控提供依据。第一,采用高通量测序技术对IBV变异株GX-NN130048、GX-NN160421、GX-QZ170728和GX-QZ171023株进行全基因组序列测定,分别对...  (本文共87页) 本文目录 | 阅读全文>>