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整合素配体结合反应上调兔支气管上皮细胞抗氧化能力

支气管上皮细胞 (BECs)的抗氧化活性对于改善上皮的抗损伤能力、维持上皮结构和功能的完整性具有重要意义。BEC表达的整合素分子是细胞外基质成分如纤维连接蛋白 (Fn)的受体 ,与细胞的生长、分化、代谢调控有关。为论证整合素 配体结合反应对细胞抗氧化活性的影响 ,本实验用臭氧攻击培养的兔BEC ,观察用Fn或其特异性识别域片段RGD肽处理后细胞内谷胱甘肽过氧化物酶 (GSH Px)、超氧化  (本文共4页) 阅读全文>>

华中师范大学
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DOX:准确预测蛋白-配体结合构象的计算新方法

准确解析蛋白质大分子与其相互作用的配体小分子的结合构象,是研究配体参与的功能性蛋白质在生物体内的作用机制及调控过程的基础,同时也是基于结构的药物设计的前提。本论文的工作即是围绕准确计算预测蛋白-配体的结合构象而展开,主要包括以下三方面工作。1.构建准确预测蛋白-配体结合构象的新方法:对于复杂的蛋白-配体分子体系而言,准确计算预测合理的低能构象主要取决于能否实现全局复杂势能面(Potential Energy Surface,PES)的搜索和局域低能构象的高精度优化。我们提出了基于MM/QM多势能面“窜跃”的结合构象搜索与优化策略(Binding Conformations Searching Across Multiple PES,BC-SAMP)来准确计算预测蛋白-配体的结合构象。基于BC-SAMP策略我们发展得到了一种能够准确计算预测蛋白-配体结合构象的DOX新方法。2.DOX方法在生物体系上的测试研究。本部分工作包括如下两...  (本文共154页) 本文目录 | 阅读全文>>

华东师范大学
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蛋白配体结合自由能精确理论计算新方法研究

药物分子通过与靶标蛋白结合的方式实现干扰蛋白功能的作用,从而可以治疗疾病。许多蛋白质重要的生理和药理功能,是通过与小分子相互作用体现出来,例如酶与底物的相互作用体现酶的催化功能。因此对小分子配体-生物大分子相互作用有一个全面、准确的了解,是基于受体结构知识进行合理药物设计的基础,而其中对配体-受体结合自由能的计算机模拟和理论计算研究,在药物设计中起着十分重要的作用。许多药物或其他生物活性分子的活性是通过与受体生物大分子的相互作用表现出来,所以药物与受体的结合强度与药物的活性直接相关。蛋白质-配体复合物的原子分辨结构主要通过X射线晶体学或核磁共振光谱学获得,为理解蛋白质-配体相互作用提供了化学基础,并可有效用作设计用于治疗疾病的小分子药物的基础。在基于结构的药物设计中,需要使用复合物的三维原子结构计算大量提出的配体与给定的靶蛋白结合的自由能。就评估蛋白质-配体结合的准确性而言,自由能微扰(FEP)和热力学积分(TI)被认为是高端方...  (本文共116页) 本文目录 | 阅读全文>>

华东师范大学
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基于深度学习的蛋白质—配体结合残基预测

随着人类基因组计划测序工作完成,蛋白质的相关研究已成为当今生命科学的主要研究内容之一。配体结合蛋白在诸多生物过程中发挥关键作用。蛋白质-配体结合残基的识别对于理解蛋白质功能有重要意义。由于传统测定方法的技术细节复杂且成本高昂,处理海量的蛋白质需要计算方法的参与。已知的计算方法均基于传统机器学习,可被粗略地分为基于序列的方法和基于三维结构的方法,两者的根本区别在于是否使用三维结构,前者已在一系列结合残基预测任务中胜过后者。然而,已知的蛋白质序列在数量上远远超过已知的蛋白质三维结构,随着深度学习技术的发展,基于序列的方法有相当可观的提升空间。因此,有必要对基于深度学习的蛋白质-配体结合残基预测开展研究。本文的主要工作及贡献如下:·提出了一种基于深度学习的蛋白质-配体结合残基预测方法。该方法(Deepsi)仅使用了序列信息,所用特征共计7类,分别为位置特异性打分矩阵、溶剂可及性、蛋白质二级结构、二面角、保守性、残基氨基酸类型和位置编码...  (本文共76页) 本文目录 | 阅读全文>>

《国外医学(药学分册)》2007年03期
国外医学(药学分册)

CYP3A4的配体结合机制

细胞色素P4503A4(CYP3A4)是药物研发过程中研究最多也最具挑战性的药物代谢酶。研究表明CYP3A4有一个活性...  (本文共2页) 阅读全文>>

《国外医学.临床生物化学与检验学分册》1986年04期
国外医学.临床生物化学与检验学分册

配体结合分析的某些进展

自60年代初Yalow和Berson首先用放射免疫分析法测定人血清胰岛素以来,配体结合分析技术(Ligand Binding Assay)...  (本文共5页) 阅读全文>>