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基于药效团的三维数据库搜索

用表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂的药效团作为提问结构在三维数据库中进行了搜索.从得到的命中结构中挑选了1  (本文共3页) 阅读全文>>

北京中医药大学
北京中医药大学

基于三维药效团的活血化瘀中药虚拟筛选方法学研究

中药是组成方剂的基本单位,是中医临床防治疾病的主要物质基础,具有多成分、多靶点、多途径整合的特点。科学阐释中药活性的物质基础和作用机理是开发安全有效、稳定可控的现代中药的基础,是揭示中药理论科学内涵、指导临床合理用药的前提,是中药现代化的关键所在。然而,目前中药活性评价、有效成分筛选实验周期长、成本高,漏筛现象较为普遍。随着计算机技术的发展,信息技术为医药科学研究提供了许多新的方法和手段,加速了药物发现过程,减少了寻找新药的盲目性和偶然性,为药物学家提供了理论思维形象化的表示,使药物研究方便快捷、直观形象、有的放矢。三维药效团构建方法是信息技术在药物研究领域的重要内容之一。药效团(pharmacophore)是指药物分子与受体结合或作用时起主要作用的原子或基团组合。在此基础上增加这些原子或基团的空间距离限制就构成了三维药效团(3D-pharmacophore)。利用三维药效团作为提问结构,结合三维数据库搜索方法,发现先导化合物、...  (本文共115页) 本文目录 | 阅读全文>>

北京中医药大学
北京中医药大学

基于三维数据库搜寻的中药信息学研究

中医药理论框架成型于两千五百年前,它将生命置于一个包括社会环境、自然环境对机体的影响的非线性复杂系统之中,考虑多因素致病,并通过中药复方多组分、多靶点、多途径地整体调节,维护健康,治疗疾病。中医药学学术本质是自然科学与社会科学交融,具有科学与人文的双重属性。因此,对中医药学体系自然科学本质及其规律的认识应是宏观抽象朴素的定律和法则,与注重微观、具体、还原、循证的现代科学技术的对接和沟通。信息技术、非线性科学、复杂系统、控制论等科学方法的发展,为中医药研究提供了新的思路与方法。本研究室首次提出了中药信息学是应用数学、化学、生物学、中医药学、计算机图形学等技术方法,研究中药各类信息的获取、处理、存储、共享、分析和解释。研究的主要内容包括建立和完善中药信息数据库,开展中药信息数据库知识发现研究,运用非线性和线性方法研究中医药及人体复杂系统,探索中药化学信息的计算机模拟方法。基于中药信息学研究的要求,本论文主要开展了以下三个方面工作:1...  (本文共111页) 本文目录 | 阅读全文>>

上海交通大学
上海交通大学

分子结构数据库搜索技术研究与开发

利用分子的三维特征,在三维结构数据库中进行三维结构搜索的方法是一种发现先导化合物的快捷而有效的方法,已经得到了广泛的重视。本文的研究目标是实现一个分子结构数据库的搜索系统。该系统是Drug Design Studio(维新新技术研究所自主研发的集成药物设计软件平台,以下简称DSS)的一个部分。三维结构数据库、二维子结构匹配算法、药效团模型(提问结构)和搜索算法是三维结构搜索方法的四个基本要素。本文就这四个方面进行了大量深入的研究与开发,并提出了一些新的算法和模型。本文首先综述了三维结构搜索方法的原理、发展及其近年来在药物分子设计中的应用。在三维结构数据库方面。本文首先研究了流行的分子文件格式,然后设计对应的关系型数据库结构,开发程序,把文件数据转换成分子结构数据库。二维子结构匹配算法方面。本文利用C++实现了目前效率最高的VF算法。药效团模型方面。本文做了以下几方面的研究与开发工作:首先,开发出了药效特征元素的定义与维护系统;接...  (本文共58页) 本文目录 | 阅读全文>>

《英才》2007年07期
英才

做好本地化就能成功

无论你开车走路,还是看到冰箱想做什么菜,或者看电视里女主...  (本文共1页) 阅读全文>>

权威出处: 《英才》2007年07期
《生物化学与生物物理学报》2000年06期
生物化学与生物物理学报

串联质谱数据的从头解析与蛋白质的数据库搜索鉴定

蛋白质的鉴定是蛋白质组学研究中必不可少的一步。用串联质谱 (tandemmassspectrometry ,MS/MS)可以进行多肽的从头测序 (denovosequencing) ,并搜索数据库以鉴定蛋白质。用图...  (本文共6页) 阅读全文>>

《中国司法鉴定》2015年05期
中国司法鉴定

从数据库搜索争论看DNA统计评估

综述了DNA数据库搜索结果匹配证据力统计学评估的两次争论。争论的内容在于如何评价从数据库搜索到相匹配DNA分型的证据强度。第一次争议始于两种有冲突的方法:似然比法认为数据库越大证据力越大,而np法则认为数据库越大证据力越小。第二...  (本文共4页) 阅读全文>>