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基因型填充策略研究

基因组数据在畜禽遗传育种中的应用越来越广泛,基因型填充作为基因组数据处理的重要工具,填充结果的好坏直接影响后续分析,为了得到好的填充结果,需要制定完善的填充策略。本研究通过模拟数据探讨参考群体大小、目标群体与参考群体间遗传关系(距离)远近、目标位点数目(比例)、最小等位基因频率以及填充算法等因素对基因型填充效果的影响。结果表明,目标位点数目与填充效果呈显著的正相关(P0.05),是影响基因型填充准确性的主要因素;参考群体大小是影响Beagle  (本文共11页) 阅读全文>>

中国农业科学院
中国农业科学院

低覆盖基因组测序数据填充策略研究

基因型填充技术,即利用现有的基因型信息,对未测定或者不完整的基因型进行计算推断,从而获得更多的基因组信息。其基本原理是根据参考群体或群体内其他个体与目标群体的基因型数据内的连锁不平衡信息和重组率等构建共有的单倍型片段,然后利用单倍型片段信息对目标群体内未分型位点进行估算并填充完整。基因型填充作为基因组数据处理的重要工具,填充结果的好坏直接影响后续分析,为了得到好的填充结果,需要制定完善的填充策略。本研究模拟出四个亲缘关系由远及近的群体共20000个个体、染色体长度为10Mb的基因组数据。将模拟后的数据按目标群体与参考群体划分并剔除MAF0.01的位点。其中,填充验证(目标)群体固定为群体1内的1 000个个体,而参考群体大小为100、1 000、3 000、5 000、10 000个个体共五个水平。按芯片数据和全基因组测序数据两种数据类型对验证群体的位点进行删除,分别保留原位点数量的1、5、10、30、50、90%的位点,即目标...  (本文共51页) 本文目录 | 阅读全文>>

《种子》2020年01期
种子

淹水胁迫对不同基因型东方杉幼苗生理生化的影响

以东方杉不同基因型DFS 01和DFS 02的一年生容器苗为材料,研究淹水胁迫下杉苗木的生理生化响应。结果表明:经过90 d的水淹处理,2种基因型苗木的叶绿素、POD呈下降趋势,MDA含量和质膜透性总体上呈增长趋势,表明淹水胁迫对2种基因型造成了伤害并随时间的延长而加剧;SOD与对照相比表现为上升趋...  (本文共6页) 阅读全文>>

权威出处: 《种子》2020年01期
《中国热带医学》2020年06期
中国热带医学

长沙市2014—2019年31株风疹病毒基因型流行特征

目的对2014—2019年长沙市风疹病毒进行分子流行病学、基因特征及溯源研究。方法风疹疑似患者鼻咽拭子先通过荧光逆转录聚合酶链反应(real time-PCR, RT-PCR)进行风疹病毒核酸检测,风疹病毒阳性标本再进行RT-PCR扩增E1基因片段,序列拼接后构建进化树及氨基酸同源性分析。结果截至2019年10月31日,收集到市区上送风疹疑似病例标本1 726份,其中阳性87份(5.04%),2014年至2019年风疹阳性率分别为1.27%(6/471)、1.70%(4/235)、1.83%(4/218)、0%(0/133...  (本文共6页) 阅读全文>>

《国际检验医学杂志》2018年20期
国际检验医学杂志

重庆地区HBV基因型与临床特征相关性分析

目的分析重庆地区乙型肝炎病毒(HBV)感染人群中HBV基因型的群体差异,以及不同的基因型种类与患者临床特征之间的关系,为重庆地区乙型肝炎诊断、治疗和预防提供理论依据。方法采集重庆8个地区768例HBV感染者血清样本及其临床诊疗历史数据,PCR提取目的基因,采用直接测序法分析获得的HBV S基因序列,运用NCBI在线软件及MEGA6.0软件分析每例HBV样本的基因型种类,使用多种生物信息分析软件对S基因突变位点进行分析,探讨基因型情况与临床特征及S基因突变三者间的相关性。结果...  (本文共4页) 阅读全文>>

《中国农业科技导报》2015年04期
中国农业科技导报

小麦氮高效基因型的蛭石盒筛选

为探索一种简便易行的小麦氮高效基因型筛选方法,以塑料盒为栽培容器,以浇施营养液的蛭石为栽培介质,对黄淮麦区24个小麦基因型在3种氮素水平下进行了氮高效基因型的筛选。结果表明,这种蛭石盒筛选法,能有效筛选出不同氮素水平的氮...  (本文共6页) 阅读全文>>

《实用预防医学》2012年05期
实用预防医学

中国部分地区结核分枝杆菌北京基因型菌株分布初步分析

目的初步了解结核分枝杆菌北京基因型菌株在中国不同地区的分布情况。方法采用间隔区寡核苷酸分型(spacer oligonucleotide typing,Spoligotyping)方法对1 603株分离自7个省、市、自治区的结核分枝杆菌进行分型分析,确定北京基因型菌株在不同地区所占的比例。结果根据...  (本文共3页) 阅读全文>>