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C型乙型肝炎病毒的全基因组序列分析

目的 探索乙型肝炎病毒 (HBV)全基因组的结构特点。方法 应用直接PCR基因分型法确定HBV基因型 ,然后随机选择 1例单纯HBVC基因型感染的患者血清 ,分 3个相互重叠片段扩增HBV基因并分别克隆测序。利用VectorNTISuite 7 0软件包、GeneDoc 2 6和TreeView 1 5,将该 3个基因片段拼接为全基因组序列 ,命名为BD HB1,并进行基因进化树分析和同  (本文共2页) 阅读全文>>

《智能计算机与应用》2012年04期
智能计算机与应用

全基因组序列拼接研究进展

全基因组序列拼接是生物信息学研究领域的核心问题。针对新一代测序数据读取片段reads长度短、数据海量、精确度低等特点带来的严峻挑战,...  (本文共5页) 阅读全文>>

《Virologica Sinica》2006年03期
Virologica Sinica

三株新城疫广西分离株全基因组序列的测定与分析

根据GenBank上所公布的新城疫病毒(NDV)的全基因组序列,设计了8对引物,运用RT-PCR方法获取了3株广西地方强毒株GX7/02、GX9/03和GX11/03的全基因组序列,并对其进行了比较分析。此3株病毒的全基因组序列均由15192个碱基组成,与GenBank公布的ZJ1、...  (本文共6页) 阅读全文>>

山东农业大学
山东农业大学

山东省某地方品种鸡ALV-K的分离鉴定及其全基因组序列分析

山东寿光鸡群中的ALV感染较为严重,对其进行了检测,毒株的分离鉴定、基因组特征分析以及多克隆抗体的制备等研究。从该鸡群采集样品,经ALV p27抗原ELISA检测,阳性率为54%。阳性血浆接种DF-1细胞,提细胞基因组cDNA,用ALV特异性引物经PCR扩增env基因,与国内外A、B、C、D、E、J亚群参考株同源性为57.1%~93.2%,其中,与内源性E亚群参考株为93.2%,由于DF-1细胞可以抗内源性病毒,所以可以排除E亚群;与K亚群参考株的核苷酸为94.1%~99.4%,进化树分析显示,10个分离株与K亚群参考株亲缘关系最近,因此,初步确定为ALV-K,分别命名为hz01~hz10。根据遗传关系,选取3个不在同一分支上的分离株,将感染该病毒的鸡解剖后,表观未看到症状,病理组织观察发现,肝脏、脾脏、卵巢、肺脏、肾脏均有不同程度的淋巴细胞浸润和出血,其中心脏最为严重,出现了部分细胞变性坏死;超微结构病理变化为,肝脏和脾脏中出...  (本文共77页) 本文目录 | 阅读全文>>

广西大学
广西大学

四株广西代表性IBV变异株的全基因组序列测定和生物信息学分析及致病性研究

鸡传染性支气管炎(infectious bronchitis,IB)是鸡的一种急性、高度传染性的呼吸道疾病,广西养禽业由该病造成的经济损失非常大。鸡传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV)基因组十分容易发生变异,不同国家或地区IBV流行株的基因组存在很大的差异。为了进一步阐明广西IBV分子致病变异机制和致病机理,有效控制该病,促进广西养禽业健康发展,非常有必要对广西IBV流行株进行全基因组测序分析和致病性研究。因此,本研究对四株广西代表性IBV变异株的全基因组序列进行测定,并对获取的全基因组序列进行生物信息学分析,最后对该四株IBV变异株进行SPF鸡和樱桃谷肉鸭的动物回归试验,对其进行致病性研究,旨在为本地区IB防控提供依据。第一,采用高通量测序技术对IBV变异株GX-NN130048、GX-NN160421、GX-QZ170728和GX-QZ171023株进行全基因组序列测定,分别对...  (本文共87页) 本文目录 | 阅读全文>>

浙江大学
浙江大学

基于全基因组序列对肠杆菌目固氮菌的系统分类

最近的研究基于细菌全基因组序列,通过系统发育分析和比较基因组学分析,将肠杆菌目分为七个科:Enterobacteriaceae、Erwiniaceae、Pectobacteriaceae、Yersiinaceae、Hafniaceae、Morganellaaceae 和Budviciaceae。本研究基于细菌全基因组序列,用分类基因组学方法对肠杆菌目中的固氮菌进行系统分类。从NCBIGenBank基因组数据库中公布的肠杆菌目53个属14754个细菌全基因组序列中检索固氮酶和固氮基因,发现217个固氮菌株,分布于四个科(Enterobacteriaceae,Pectobacteriaceae,Yersiniaceae 和 Erwiniaceae)。基于细菌16S rRNA基因序列相似度和全基因组序列相似度分析并用核心基因组编码氨基酸序列构建系统发育树,确定固氮菌分布于Enterobacteriaceae科的Klebseilla属、...  (本文共73页) 本文目录 | 阅读全文>>